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- PDB-3kk6: Crystal Structure of Cyclooxygenase-1 in complex with celecoxib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kk6
タイトルCrystal Structure of Cyclooxygenase-1 in complex with celecoxib
要素Prostaglandin G/H synthase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / cox-1 / cyclooxygenase / peroxidase / prostaglandin / heme / celecoxib / merohedral twinned / Dioxygenase / Disulfide bond / EGF-like domain / Endoplasmic reticulum / Fatty acid biosynthesis / Glycoprotein / Iron / Lipid synthesis / Membrane / Metal-binding / Microsome / Prostaglandin biosynthesis / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin biosynthetic process / peroxidase activity / regulation of blood pressure / response to oxidative stress / neuron projection / heme binding ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin biosynthetic process / peroxidase activity / regulation of blood pressure / response to oxidative stress / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CEL / CITRATE ANION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Prostaglandin G/H synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Sidhu, R.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Coxibs interfere with the action of aspirin by binding tightly to one monomer of cyclooxygenase-1.
著者: Rimon, G. / Sidhu, R.S. / Lauver, D.A. / Lee, J.Y. / Sharma, N.P. / Yuan, C. / Frieler, R.A. / Trievel, R.C. / Lucchesi, B.R. / Smith, W.L.
履歴
登録2009年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年3月13日Group: Refinement description
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 1
B: Prostaglandin G/H synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,73516
ポリマ－127,4482
非ポリマー6,28714
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21710 Å2
ΔGint78 kcal/mol
Surface area38810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.035, 181.035, 102.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 32:278 or resseq 282:584 ) and (not element H)
211chain B and (resseq 32:278 or resseq 282:584 ) and (not element H)

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.521844, -0.853041, -4.0E-5), (-0.853023, 0.521834, -0.006415), (0.005493, -0.003314, -0.999979)0.003363, 0.201833, 36.112499

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 1 / Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / ...Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / PGH synthase 1 / PGHS-1 / PHS 1


分子量: 63724.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: COX1, PTGS1 / プラスミド: PFASTBAC-HTOCOX-1
発現宿主: Spodoptera Frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21
参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 9分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 110分子

#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-CEL / 4-[5-(4-METHYLPHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOL-1-YL]BENZENESULFONAMIDE / CELECOXIB / セレコキシブ


分子量: 381.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14F3N3O2S / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MET TO LEU CONFLICT IN UNP ENTRY P05979

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.73 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 23.56 / 数: 366365 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 49685 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.925099.710.0380.9997.5
4.75.9210010.0621.157.7
4.114.710010.0590.9857.7
3.734.1110010.0640.9477.7
3.463.7310010.081.0987.7
3.263.4610010.1261.0687.7
3.13.2610010.191.0327.7
2.963.110010.2830.9837.7
2.852.9610010.4180.9537.3
2.752.8596.210.5470.9324.9
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.501
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 49685 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.75-2.854.90.547196.2
2.85-2.967.30.4181100
2.96-3.17.70.2831100
3.1-3.267.70.191100
3.26-3.467.70.1261100
3.46-3.737.70.081100
3.73-4.117.70.0641100
4.11-4.77.70.0591100
4.7-5.927.70.0621100
5.92-507.50.038199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å10 Å
Translation4 Å10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q4G

1q4g


解像度: 2.75→41.415 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: used twin operator (h,-h-k,-l)
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1992 4.1 %
Rwork0.2069 --
obs0.2083 48593 97.42 %
all-49685 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.414 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.528 Å20 Å2-0 Å2
2---13.528 Å20 Å2
3----13.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→41.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8742 0 426 105 9273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01332834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6044574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072764
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4207X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4207X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.79750.379810.3051953X-RAY DIFFRACTION98
2.7975-2.84830.322930.28692154X-RAY DIFFRACTION98
2.8483-2.90310.404910.28042231X-RAY DIFFRACTION98
2.9031-2.96230.32781010.27482300X-RAY DIFFRACTION98
2.9623-3.02670.307970.27432324X-RAY DIFFRACTION98
3.0267-3.09710.2834970.25972319X-RAY DIFFRACTION98
3.0971-3.17450.2693950.25452323X-RAY DIFFRACTION98
3.1745-3.26030.25611010.2582336X-RAY DIFFRACTION98
3.2603-3.35620.2341960.2482371X-RAY DIFFRACTION98
3.3562-3.46450.2875990.2362349X-RAY DIFFRACTION98
3.4645-3.58830.24990.21652378X-RAY DIFFRACTION98
3.5883-3.73190.29031010.19622371X-RAY DIFFRACTION98
3.7319-3.90160.1975970.19432379X-RAY DIFFRACTION98
3.9016-4.10710.2151010.17912385X-RAY DIFFRACTION98
4.1071-4.36420.2068990.15762375X-RAY DIFFRACTION98
4.3642-4.70070.16521030.15942411X-RAY DIFFRACTION98
4.7007-5.17290.2212990.1552402X-RAY DIFFRACTION98
5.1729-5.91960.17921030.18942399X-RAY DIFFRACTION98
5.9196-7.4510.27031030.21572421X-RAY DIFFRACTION98
7.451-41.420.24781030.19772453X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16270.17840.0370.15790.11910.46310.01010.0385-0.1231-0.1581-0.07410.0431-0.2704-0.09700.41330.241-0.06890.2565-0.03250.278-36.017752.0151-1.2038
20.3230.08450.07180.08980.0370.1611-0.0782-0.10170.0670.1530.0906-0.1688-0.086-0.10390.02780.38710.22-0.06520.2278-0.05730.2394-25.839957.322236.8645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 32:584 OR RESID 601:900 ) )A32 - 584
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 32:584 OR RESID 601:900 ) )A601 - 900
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 32:584 OR RESID 601:1752 ) )B32 - 584
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 32:584 OR RESID 601:1752 ) )B601 - 1752

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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