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- PDB-3kjy: Crystal structure of reduced HOMO SAPIENS CLIC3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kjy
タイトルCrystal structure of reduced HOMO SAPIENS CLIC3
要素Chloride intracellular channel protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GST / GLUTATHIONE / CLIC / CHLORIDE CHANNEL / CHLORIDE INTRACEL / CHLORIDE / CYTOPLASM / ION TRANSPORT / IONIC CHANNEL / NUCLEUS / POLYMORPHISM / TRANSPORT / VOLTAGE-GATED CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase (glutathione) activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / positive regulation of sprouting angiogenesis / chloride channel activity / chloride channel complex / extracellular matrix / nuclear body / signal transduction / extracellular exosome ...protein-disulfide reductase (glutathione) activity / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / positive regulation of sprouting angiogenesis / chloride channel activity / chloride channel complex / extracellular matrix / nuclear body / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Littler, D.R. / Curmi, P.M.G. / Breit, S.N. / Perrakis, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of human CLIC3 at 2 A resolution
著者: Littler, D.R. / Brown, L.J. / Breit, S.N. / Perrakis, A. / Curmi, P.M.G.
履歴
登録2009年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 3
B: Chloride intracellular channel protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1259
ポリマ－56,4522
非ポリマー6727
水2,630146
1
A: Chloride intracellular channel protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7076
ポリマ－28,2261
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chloride intracellular channel protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4183
ポリマ－28,2261
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.080, 48.380, 59.760
Angle α, β, γ (deg.)69.68, 80.89, 74.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 3


分子量: 28226.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC3 / プラスミド: PET-28-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O95833
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Solution (15mg/ml protein in 20mm HEPES-NAOH, PH 7.5, 200mm NACl) plus 3 micro-l of reservoir solutionl (0.95M NH4SO4,0.225M LISO4, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5), drop equilibrated against 1 ml ...詳細: Solution (15mg/ml protein in 20mm HEPES-NAOH, PH 7.5, 200mm NACl) plus 3 micro-l of reservoir solutionl (0.95M NH4SO4,0.225M LISO4, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5), drop equilibrated against 1 ml reservoir solution , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, CRYO Reservoir + 20%V Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月3日 / 詳細: Osmic-mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30.26 Å / Num. obs: 32724 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_161)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FY7

3fy7


解像度: 1.95→30.26 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 1548 5.06 %
Rwork0.1978 --
obs0.2003 30567 86.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.385 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.949 Å2-0.598 Å24.717 Å2
2---0.018 Å2-0.983 Å2
3---4.967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3538 0 35 146 3719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0214941
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4191358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005645
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-2.01970.34051100.2843245972
2.0197-2.10060.30181260.2377260378
2.1006-2.19610.28031520.2029282384
2.1961-2.31190.26131470.1959283584
2.3119-2.45670.26751580.1928283985
2.4567-2.64620.25511670.1923296788
2.6462-2.91230.24781700.1968298490
2.9123-3.33330.25311400.2147311892
3.3333-4.19780.22871730.1665319395
4.1978-30.26310.20562050.1782319896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4843-2.2686-2.45453.78594.36365.14720.4959-0.82570.9189-0.34670.1086-0.2352-0.5680.3808-0.50230.2434-0.05070.09180.297-0.19150.3275-22.236614.969826.1987
26.2758-3.11910.0755.85491.04193.63360.2891-1.71591.5742-0.32280.2101-1.32360.02470.2195-0.44930.1848-0.05520.01320.5297-0.3230.5149-11.54489.796530.3342
32.36880.50160.24131.609-0.06870.26280.02070.8531-0.1073-0.48310.0027-0.236-0.00030.307-0.04870.2927-0.00720.04210.4004-0.03110.1372.1737-0.1449-12.479
41.94170.7865-1.10531.8806-1.14471.27920.14260.93810.163-0.3692-0.03250.78080.2531-0.8936-0.0360.28790.0562-0.07810.5774-0.06540.1897-9.651-2.0948-14.6233
51.659-0.0443-1.15620.60020.41342.48130.0906-0.0297-0.13770.1883-0.09610.1665-0.039-0.06830.01610.10960.0022-0.02760.04070.01780.185-4.6222-4.740611.7316
61.6777-0.11030.13550.08860.12281.79670.07140.185-0.31170.04210.0193-0.15440.09240.2287-0.06630.11110.0104-0.00870.1189-0.02310.15415.1492-3.29254.6774
70.31880.2228-0.06980.8305-0.10220.45730.3725-0.45560.00120.1459-0.20470.08310.36990.17610.02350.3970.17840.04440.7508-0.19880.23627.1026-4.1167-19.2997
81.5808-0.4128-0.59491.26840.67732.1333-0.06440.06840.04350.2060.3023-0.21930.19050.2032-0.18240.37890.0650.10840.6751-0.29780.3634-26.626216.169334.8048
91.7466-0.7635-1.50861.4110.61432.21690.10680.1278-0.1452-0.2032-0.0465-0.28680.1255-0.0085-0.07260.0954-0.0142-0.03520.10420.00540.1629-19.3326-2.91188.9181
102.5455-0.0993-0.49180.46970.09672.00260.14720.08580.21740.07010.0260.0404-0.2391-0.3654-0.15180.09150.0323-0.00750.09790.03340.1284-27.17394.841512.9335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and ((resseq 5:45))B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 59:89))B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 4:45))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 56:90))A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 91:159))A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resseq 160:230))A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq -8:-3))A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ((resseq -9:-3))B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and ((resseq 90:159))B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and ((resseq 160:230))B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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