PDB-3kjl: Sgf11:Sus1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kjl

タイトル

Sgf11:Sus1 complex

要素

Protein SUS1
SAGA-associated factor 11

キーワード

TRANSCRIPTION / SAGA / Sus1 / Sgf11 / complex / Activator / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / mRNA transport / Nuclear pore complex / Protein transport / Translocation / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

DUBm complex / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear mRNA surveillance / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / enzyme activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Stewart, M. / Ellisdon, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the interaction between yeast Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex components Sgf11 and Sus1.
著者: Ellisdon, A.M. / Jani, D. / Kohler, A. / Hurt, E. / Stewart, M.

履歴

登録	2009年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3kjl.ent.gz	160.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kjl_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kjl_full_validation.pdf.gz	496.6 KB	表示
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CIF形式データ	3kjl_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/3kjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/3kjl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kikSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m8a-d 2jmo-d 6k3m-d 1868 2m2a-d 5h8o-d 4dk3-1 3wwq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein SUS1

E: SAGA-associated factor 11

B: Protein SUS1

F: SAGA-associated factor 11

C: Protein SUS1

G: SAGA-associated factor 11

D: Protein SUS1

H: SAGA-associated factor 11

58.4 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Protein SUS1

E: SAGA-associated factor 11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Protein SUS1

F: SAGA-associated factor 11

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14.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Protein SUS1

G: SAGA-associated factor 11

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14.6 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Protein SUS1

H: SAGA-associated factor 11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.670, 68.670, 232.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

SAGA Complex

#1: タンパク質	Protein SUS1 分子量: 11094.497 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see publication 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SUS1, YBR111W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6WNK7
#2: タンパク質・ペプチド	SAGA-associated factor 11 / 11 kDa SAGA-associated factor 分子量: 3503.884 Da / 分子数: 4 / Fragment: Sus1-binding region / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see publication 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SGF11, YPL047W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q03067
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: see publication, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0719 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0719 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→59.4 Å / Num. all: 17082 / Num. obs: 17082 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.4 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 22.6 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2485 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_129)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KIK

3kik

解像度: 2.7→19.943 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2531	1714	10.1 %	random but taking merohedral twinning into account
R_work	0.2129	-	-	-
obs	0.217	16973	99.99 %	-
all	-	17082	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.696 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3593	0	0	54	3647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3614
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.623	4879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.728	1373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	616

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7006-2.7734	0.3063	134	0.2644	1165	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7734-2.8548	0.3543	128	0.2603	1190	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8548-2.9466	0.2879	130	0.255	1152	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9466-3.0515	0.2519	133	0.2534	1173	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0515-3.1732	0.3195	132	0.2484	1165	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1732-3.317	0.3155	133	0.2584	1180	X-RAY DIFFRACTION	90
3.317-3.4909	0.2772	131	0.2391	1169	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4909-3.7082	0.2683	132	0.2161	1169	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7082-3.9922	0.2584	125	0.2137	1194	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9922-4.3898	0.2008	129	0.18	1159	X-RAY DIFFRACTION	90
4.3898-5.0155	0.2293	133	0.1758	1178	X-RAY DIFFRACTION	90
5.0155-6.2834	0.3014	142	0.2548	1180	X-RAY DIFFRACTION	89
6.2834-19.4513	0.2009	132	0.174	1171	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	5.0619	-2.1358	-1.6243	0.8876	0.6131	0.6932	-1.7488	0.2274	-0.5816	0.1792	1.0418	0.6982	-1.1702	1.0652	-0.0654	1.4968	0.0258	0.0109	1.3544	-0.1663	0.3547	6.6676	-51.4978	-23.7972
2		0.2832	0.2078	-0.1755	0.1285	-0.1204	0.0858	0.6051	0.5853	-1.5835	0.2976	-0.5425	0.9568	-0.4378	0.7802	-0.0017	1.0582	0.1622	0.055	0.7965	-0.2687	0.7041
3		0.5924	0.7908	0.1971	0.8285	0.2505	0.0136	0.1121	-0.2126	0.3731	0.301	-0.8893	-0.0338	0.326	-0.0542	0.0001	0.8747	0.2625	-0.1641	0.832	0.1179	0.5755
4		0.3133	0.2718	0.1648	0.591	-0.2221	0.2915	-0.6362	-0.1974	-0.0782	0.5946	0.9886	-0.3613	0.6614	0.23	0.0048	0.4464	0.4246	0.1021	0.9136	0.0364	0.4967
5		1.4322	-0.6776	-1.0361	0.6053	0.3024	0.8031	0.4506	-0.6584	1.1976	0.3282	0.8422	-0.5737	0.7895	0.5106	0.0411	0.3654	0.366	-0.1244	0.9766	-0.0045	0.5262
6		0.0125	0.0402	0.0314	0.0989	0.0521	0.0159	-0.1216	0.02	1.5531	-0.1926	0.8348	0.4764	0.146	-0.2318	0.0001	0.366	0.0844	-0.2035	0.3197	-0.0783	0.8736
7		0.0765	-0.2855	0.1753	0.7919	-0.3331	0.1438	1.0432	-1.5897	-0.1805	-1.1136	0.025	0.4189	-0.1356	0.233	0.0196	0.5097	0.5809	0.0133	1.1972	-0.1545	0.636
8		1.319	0.0835	0.7379	3.895	0.4586	0.607	-1.5936	0.1548	-0.4285	0.7516	1.3916	0.6779	-0.9551	0.0747	0.1437	0.811	0.5092	-0.024	0.9069	-0.2684	0.2798
9		0.1897	-0.2565	0.0945	0.3394	-0.1665	0.0536	0.3924	1.1278	1.7222	-0.0094	-0.3935	0.0275	1.1186	2.0182	-0.0012	0.9941	-0.359	0.2486	1.8766	-0.1961	0.7786
10		0.3063	0.3413	-0.4778	0.1058	-0.5663	1.4133	0.7209	-0.6528	1.2125	-0.782	-0.5074	0.5765	0.8237	0.4675	0.0003	0.7545	0.2034	-0.1076	0.6915	-0.1601	0.4262
11		2.3772	0.5646	-0.3373	0.3349	-0.0825	0.031	1.7618	-0.6584	-1.5787	-0.7204	-0.6027	-1.5172	0.6413	-0.1315	-0.0065	0.7206	0.0291	-0.0905	0.3575	-0.3878	1.0928
12		-0.012	-0.0034	0.0188	0.0952	-0.0822	0.0848	1.0256	0.0338	0.7915	-0.4392	1.9742	-0.6227	0.5841	-1.1451	0.001	0.6432	-0.2056	0.3051	0.412	0.3	1.9599
13		0.0215	-0.3019	-0.0782	1.0373	0.2327	0.263	0.8184	-0.3162	0.1431	-0.177	-0.3725	-1.533	0.2859	-0.7227	0.0111	0.2781	0.1463	-0.0249	0.5595	0.0496	0.3528
14		1.4614	0.3204	1.0192	0.7187	-0.0226	0.4461	-0.0779	0.1818	0.1162	-0.5186	-0.0542	-0.2411	0.5057	-0.0286	-0.0833	0.366	0.2501	-0.1227	0.5866	-0.3432	0.3082
15		0.0693	0.0657	-0.0609	0.0453	-0.0389	0.0303	-0.0233	-0.8585	0.1468	-0.9693	-1.0946	0.6982	0.4371	1.3225	-0.0031	0.5428	0.2682	-0.2181	0.84	-0.2688	0.8762
16		-0.002	0.0185	0.0025	-0.0126	-0.0055	0.062	1.2099	-0.0717	-0.2819	0.4315	0.5117	-0.9465	0.2588	0.8965	-0.0015	0.5218	0.1891	-0.111	0.7257	-0.0276	0.8231
17		1.2348	0.6658	-0.5365	0.7645	-1.001	1.468	1.9014	-2.5497	0.8511	-1.2677	-0.856	0.2578	-0.4089	2.5481	0.039	0.6547	0.1137	-0.0514	1.1722	-0.0691	0.622
18		9.2414	-3.5517	1.079	3.6987	1.1372	5.2575	0.9416	-0.4696	-2.0268	-1.6098	0.3481	-0.4465	-2.1439	0.55	0.4434	0.5215	0.0525	0.2023	0.5802	0.1338	0.5637
19		0.1029	0.0937	-0.0154	0.0886	0.0036	0.0177	0.233	-0.1236	0.397	-0.3019	0.6652	0.5552	-0.254	0.6943	0.0024	0.6589	-0.1658	-0.1043	1.0968	0.2239	0.5875
20		0.1739	-0.146	0.2668	0.1774	-0.0974	0.0911	-0.2331	0.0547	1.2558	-0.0825	1.0456	-0.3127	0.4445	-0.2771	0.0044	0.5641	-0.0251	0.2194	0.5374	-0.2354	0.9462
21		0.0789	-0.1776	-0.0107	0.1944	-0.0359	-0.1046	0.6375	0.5602	-0.1012	0.2823	0.2186	0.4233	-0.1789	0.4874	0.002	0.3187	0.2008	-0.0313	0.6403	-0.1933	0.4789
22		0.3999	0.3033	0.0972	0.1938	-0.196	0.3665	0.9388	-0.316	1.9289	0.309	0.0373	0.6454	1.2693	-0.0501	0.0061	0.4933	-0.0047	-0.1364	0.7331	-0.2181	0.5589
23		0.0192	-0.0147	0.0417	0.0715	0.0147	0.0617	0.0539	0.0331	0.0344	1.0783	0.3513	0.4803	0.5115	-0.1609	0.0008	0.5765	0.4352	-0.6519	0.3895	-0.6725	2.0332
24		0.0279	0.0325	0.0378	0.0087	0.0531	0.1841	-1.0445	-1.0552	-1.0831	-0.2869	0.9597	-0.6398	-1.2121	-0.5854	0.0015	0.8587	-0.1266	0.1088	0.5215	-0.2245	0.7035
25		2.1258	-0.8032	-3.1133	0.4998	1.2035	4.6206	0.2254	-2.5865	0.2097	-1.2311	0.2574	0.0457	-1.1353	2.5857	0.0449	0.5094	0.3578	0.0814	0.3003	0.011	0.928
26		0.5483	0.0412	-0.0067	0.3187	-0.387	0.4542	0.3471	-1.5797	-0.5524	-1.3052	-0.6282	-0.829	-1.2547	-0.6475	0.0003	0.855	0.2581	0.1536	0.8141	0.1454	0.4886
27		0.326	-0.1696	0.495	0.1363	0.0426	0.76	-0.1227	-0.3757	-0.3806	0.2565	-0.8984	-0.0411	0.0486	-0.2437	-0.0005	0.9679	0.2671	0.3245	0.5279	-0.1075	0.8084
28		0.3494	-0.3636	-0.0696	0.473	0.3462	0.4207	0.3446	-0.2974	0.2974	-0.0298	-0.3265	0.5051	-0.3808	0.5795	-0	1.0592	0.1545	0.2774	0.3942	-0.0039	0.3928
29		0.139	0.1339	0.0206	0.1055	0.1181	0.1018	0.4815	-0.5307	0.7003	0.6194	-0.1652	-0.9147	-0.9104	-0.8048	0.0013	1.0645	0.3247	-0.023	1.0263	-0.2487	0.4713
30		0.2063	0.1911	0.267	0.2449	0.1462	0.416	-0.7169	-0.0897	-0.7842	0.2953	0.2206	0.6488	0.5574	0.2168	-0.0004	0.3592	0.1227	-0.0495	0.4366	-0.0384	0.6608
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37		-0.0261	0.0012	0.0497	0.3393	-0.0993	0.1139	0.4005	-0.0634	-0.0506	-1.8785	-0.8307	0.0776	-0.4161	-0.2196	-0.0008	0.8726	0.2118	-0.1165	0.4991	-0.1879	0.2954
38		0.1034	-0.1905	0.1219	0.2397	-0.0131	0.1571	-0.848	0.4999	0.0974	-0.6084	0.1817	-0.3734	0.5551	0.6861	-0.0001	1.0821	-0.0297	-0.0277	0.3655	-0.0324	0.8059
39		2.6541	1.7403	-0.1376	1.5521	0.3193	0.7639	0.8908	0.8342	-0.8612	0.3477	-1.0387	-0.6494	-0.4295	-0.014	0.0513	0.6353	0.2097	-0.0066	0.3829	0.0897	0.3022
40		0.5565	0.2608	-0.2414	0.1046	-0.1314	0.1216	1.114	-0.0247	1.1061	-0.1189	-0.8234	1.2306	0.9469	1.5219	0.0007	1.0672	0.2938	-0.0146	1.0863	0.8233	1.7853
41		0.0802	0.0721	0.0956	0.058	0.0954	0.072	1.3867	-0.3293	1.4459	-1.2037	-0.2229	-0.8216	0.1882	0.8711	0.0029	1.542	-0.136	0.2786	1.2876	0.3214	0.9178
42		0.3275	0.209	-0.5008	1.0248	-1.061	1.1922	-0.2473	0.0144	0.7796	1.1945	1.0839	-0.6636	0.2809	-0.1632	0.0268	1.0674	-0.1592	0.1852	0.5908	-0.3352	0.898
43		0.1471	0.0856	0.0345	0.0118	0.0278	0.0082	0.731	-0.3828	-0.0848	0.1585	-0.435	0.5839	-0.3166	0.7261	-0	0.7441	0.069	0.0368	0.3459	0.0611	0.6019
44		0.9983	0.6089	-0.2521	1.2981	-2.0266	5.5939	-0.5365	-0.1748	0.5395	-0.2834	-1.0018	1.1244	0.1937	0.035	-0.249	0.3853	0.0706	0.1079	0.1826	-0.0982	0.7645

精密化 TLSグループ

Selection details: chain H and resid 24:33)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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