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万見
- PDB-3kj6: Crystal structure of a Methylated beta2 Adrenergic Receptor-Fab c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kj6
タイトルCrystal structure of a Methylated beta2 Adrenergic Receptor-Fab complex
要素
  • Beta-2 adrenergic receptor
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / transmembrane helices / Cell membrane / Disulfide bond / G-protein coupled receptor / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Transducer / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine binding / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine binding / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / brown fat cell differentiation / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / mitotic spindle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / early endosome / lysosome / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / endosome / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / ciliary basal body / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bokoch, M.P. / Zou, Y. / Rasmussen, S.G.F. / Liu, C.W. / Nygaard, R. / Rosenbaum, D.M. / Fung, J.J. / Choi, H.-J. / Thian, F.S. / Kobilka, T.S. ...Bokoch, M.P. / Zou, Y. / Rasmussen, S.G.F. / Liu, C.W. / Nygaard, R. / Rosenbaum, D.M. / Fung, J.J. / Choi, H.-J. / Thian, F.S. / Kobilka, T.S. / Puglisi, J.D. / Weis, W.I. / Pardo, L. / Prosser, S. / Mueller, L. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Ligand-specific regulation of the extracellular surface of a G-protein-coupled receptor.
著者: Bokoch, M.P. / Zou, Y. / Rasmussen, S.G. / Liu, C.W. / Nygaard, R. / Rosenbaum, D.M. / Fung, J.J. / Choi, H.J. / Thian, F.S. / Kobilka, T.S. / Puglisi, J.D. / Weis, W.I. / Pardo, L. / ...著者: Bokoch, M.P. / Zou, Y. / Rasmussen, S.G. / Liu, C.W. / Nygaard, R. / Rosenbaum, D.M. / Fung, J.J. / Choi, H.J. / Thian, F.S. / Kobilka, T.S. / Puglisi, J.D. / Weis, W.I. / Pardo, L. / Prosser, R.S. / Mueller, L. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2009年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_mutation / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor
L: Fab light chain
H: Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6044
ポリマ－88,5083
非ポリマー961
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)338.600, 48.600, 88.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 41369.020 Da / 分子数: 1 / 変異: N187E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07550
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23902.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23236.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: bicelles, 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: AmSO4, pH 7, bicelles, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 19946 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.558 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.4-3.523.60.38318190.71890.2
3.52-3.664.30.35218970.896.4
3.66-3.834.90.31119850.87298.9
3.83-4.035.60.2720061.04499.4
4.03-4.285.80.21319961.45799.8
4.28-4.6160.16320121.70299.9
4.61-5.0860.13220251.87899.7
5.08-5.8160.12220361.85199.9
5.81-7.3260.10320581.801100
7.32-505.70.06221122.51798.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→44.409 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.799 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 1864 9.79 %
Rwork0.238 --
obs0.242 19042 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 119.223 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 562.31 Å2 / Biso mean: 144.969 Å2 / Biso min: 51.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.73 Å20 Å210.72 Å2
2--11.602 Å2-0 Å2
3----0.035 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4969 0 5 0 4974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6696919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3311746
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.4920.2931350.2681137127282.28
3.492-3.5950.2661110.2561177128888.58
3.595-3.7110.2811440.2531281142592.23
3.711-3.8430.2791470.2291248139594.38
3.843-3.9970.2861570.231314147196.33
3.997-4.1790.2631560.2111332148898.22
4.179-4.3990.2071530.1921368152199.22
4.399-4.6740.2481600.1841308146899.06
4.674-5.0350.2111410.1831383152499.28
5.035-5.5410.2471400.21380152099.54
5.541-6.340.2881410.2371406154799.42
6.34-7.9810.3081290.2521416154599.81
7.981-44.4130.2821500.2641428157897.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-4.6032-2.3268-3.1854-4.3464-0.70520.6586-0.12450.3235-0.13140.6725-1.0954-0.2915-0.62060.20590.99970.6752-0.1732-0.03420.7989-0.61253.035225.039738.471342.378
21.0547-0.4899-0.84070.5994-0.1266-1.0892-0.483-0.71791.23970.18540.3520.19780.15950.59980.2010.7164-0.19910.01731.5075-0.30872.863224.604645.536848.4296
3-0.38340.55450.84571.8729-1.0988-0.10181.69940.8643-0.67890.0369-1.49961.97280.1142-0.2409-0.13280.7750.2289-0.26981.8231-0.67682.224329.180657.211850.9754
48.9951-4.00220.7346.80930.53292.66910.2058-0.8124-0.02830.0694-0.46981.2363-0.72610.6089-0.02181.1877-0.05140.52171.3851-0.03941.718724.807454.370659.2464
50.4770.3437-0.18563.07861.06932.3541-0.5638-0.27220.0947-0.9087-0.62410.2279-0.26330.38580.5890.82360.0584-0.44320.5905-0.41890.514640.519863.790843.0775
6-1.17210.6583-0.11812.3415-0.66970.7611-0.18130.25570.26190.0698-0.51271.32720.271-0.87980.67911.31540.10.02612.0932-0.40171.748332.440856.462839.6897
71.61580.2620.40831.0424-1.11532.2741-0.4893-0.34750.05080.5094-0.3919-0.6606-0.70240.50380.4841.1562-0.13820.22591.8727-0.75492.32530.892742.509938.1328
81.7062-0.0371-1.69491.16480.10061.5040.1976-0.12950.3998-0.41640.0135-0.1964-0.31690.14-0.16720.7044-0.0437-0.01640.5884-0.02260.525785.858554.514917.8111
90.9809-0.8191-0.95821.22250.31431.9803-0.08230.1581-0.2583-0.1631-0.18350.09570.3108-0.25830.22990.6485-0.0799-0.03940.5867-0.06020.576173.18542.653919.2703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 35-62A35 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 63-91A63 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 108-144A108 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 145-164A145 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 203-242A203 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 263-291A263 - 291
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 307-346A307 - 346
8X-RAY DIFFRACTION8chain LL1 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9chain HH1 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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