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- PDB-3kj1: Mcl-1 in complex with Bim BH3 mutant I2dA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kj1
タイトルMcl-1 in complex with Bim BH3 mutant I2dA
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / bcl-2 / bh3 / protein-peptide complex / Alternative splicing / Cytoplasm / Developmental protein / Differentiation / Isopeptide bond / Membrane / Mitochondrion / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / tube formation / cellular homeostasis / mammary gland development / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / BH3 domain binding / B cell homeostasis / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / FLT3 Signaling / endomembrane system / negative regulation of autophagy / response to endoplasmic reticulum stress / release of cytochrome c from mitochondria / thymus development / cell-matrix adhesion / post-embryonic development / positive regulation of protein-containing complex assembly / kidney development / male gonad development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Bcl-2-like protein 11 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.945 Å
データ登録者Fire, E. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Mcl-1-Bim complexes accommodate surprising point mutations via minor structural changes.
著者: Fire, E. / Gulla, S.V. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2009年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1179
ポリマ－20,6952
非ポリマー4227
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
2
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,46836
ポリマ－82,7828
非ポリマー1,68628
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area14620 Å2
ΔGint-636 kcal/mol
Surface area31720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.066, 72.007, 117.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

CL

21A-6-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3


分子量: 17937.359 Da / 分子数: 1 / 断片: (UNP 172-322) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L3, mcl-1, MCL1 / プラスミド: pSV282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 2758.056 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 region of BIM (UNP 1-21) / Mutation: I6A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L11, BIM / プラスミド: pSV282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O43521

-
非ポリマー , 4種, 123分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Imidazole, 0.2 M Zinc Acetate, 16% PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月24日
放射モノクロメーター: VarimaxHR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 16418 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.157 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.027.60.42612990.68479.5
2.02-2.19.60.27316180.79396.3
2.1-2.210.50.19416360.95198
2.2-2.3110.40.14416601.06298.3
2.31-2.4610.60.10816441.21598.6
2.46-2.6510.60.08316841.20799.1
2.65-2.9110.50.06216581.21699.5
2.91-3.3310.60.04717031.33699.6
3.33-4.210.60.03717201.4999.8
4.2-5010.10.03117961.33299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.945→28.885 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 831 5.06 %
Rwork0.187 --
obs0.188 16418 51.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.123 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 139.75 Å2 / Biso mean: 42.775 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.853 Å2-0 Å20 Å2
2---2.429 Å20 Å2
3---4.281 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.945→28.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1424 0 10 116 1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9951954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.976543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.945-2.0660.2271170.1972230234744
2.066-2.2260.2141450.1722585273051
2.226-2.450.2091410.1762614275552
2.45-2.8040.2341450.1872645279052
2.804-3.5320.2071560.1862684284053
3.532-28.8880.1941270.182829295655
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.2443 Å / Origin y: 20.6557 Å / Origin z: 41.4334 Å
111213212223313233
T0.0947 Å2-0.006 Å20.0108 Å2-0.0354 Å2-0.0034 Å2--0.1081 Å2
L1.5129 °2-0.0212 °20.6064 °2-0.3758 °20.1943 °2--0.9476 °2
S0.0641 Å °-0.034 Å °-0.1712 Å °0.0846 Å °0.005 Å °0.0425 Å °0.1326 Å °0.0161 Å °-0.0745 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA171 - 322
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 22
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1allA - B1 - 116
5X-RAY DIFFRACTION1allA1428
6X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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