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- PDB-3kic: Crystal structure of adeno-associated virus serotype 3B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kic
タイトルCrystal structure of adeno-associated virus serotype 3B
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRUS / capsid / parvovirus / icosahedral virus / beta barrel / single-stranded / dependovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Adeno-associated virus 3B (アデノ随伴ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Lerch, T.F. / Xie, Q. / Chapman, M.S.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2010
タイトル: The structure of adeno-associated virus serotype 3B (AAV-3B): insights into receptor binding and immune evasion.
著者: Lerch, T.F. / Xie, Q. / Chapman, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Twinned crystals of adeno-associated virus serotype 3b prove suitable for structural studies
著者: Lerch, T.F. / Xie, Q. / Ongley, H.M. / Hare, J. / Chapman, M.S.
履歴
登録2009年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Derived calculations / Other
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年3月31日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,646,36940
ポリマ－1,639,74420
非ポリマー6,62420
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
ヘテロ分子

A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
ヘテロ分子

A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,939,106120
ポリマ－4,919,23360
非ポリマー19,87360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
T: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.65 MDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,646,36940
ポリマ－1,639,74420
非ポリマー6,62420
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
単位格子
Length a, b, c (Å)257.704, 257.704, 603.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and resid 217:737A217 - 737
211chain B and resid 217:737B217 - 737
311chain C and resid 217:737C217 - 737
411chain D and resid 217:737D217 - 737
511chain E and resid 217:737E217 - 737
611chain F and resid 217:737F217 - 737
711chain G and resid 217:737G217 - 737
811chain H and resid 217:737H217 - 737
911chain I and resid 217:737I217 - 737
1011chain J and resid 217:737J217 - 737
1111chain K and resid 217:737K217 - 737
1211chain L and resid 217:737L217 - 737
1311chain M and resid 217:737M217 - 737
1411chain N and resid 217:737N217 - 737
1511chain O and resid 217:737O217 - 737
1611chain P and resid 217:737P217 - 737
1711chain Q and resid 217:737Q217 - 737
1811chain R and resid 217:737R217 - 737
1911chain S and resid 217:737S217 - 737
2011chain T and resid 217:737T217 - 737

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 81987.219 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus 3B (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: Cap / プラスミド: pAAV3B / 細胞株 (発現宿主): HeLa / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O56139
#2: 化合物
ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 3.2-3.4% PEG 6000, 50mM magnesium chloride, 100mM hepes, pH 7.3, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月13日
放射モノクロメーター: 0.916 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.475
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 177514 / Num. obs: 147388 / % possible obs: 32.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allDiffraction-ID% possible allRmerge(I) obsΧ2
2.6-2.6613727112.2
2.66-2.7314412114.4
2.73-2.815429117.80.5321.827
2.8-2.8816768122.10.4221.732
2.88-2.981.18209126.90.3011.506
2.98-3.081.110240133.60.2111.073
3.08-3.211.110796135.20.1591.098
3.21-3.351.210985135.90.1281.096
3.35-3.531.211521137.60.1051.012
3.53-3.751.212081139.60.0890.855
3.75-4.041.312463140.70.080.783
4.04-4.451.312995142.50.0670.583
4.45-5.091.413400143.80.0580.773
5.09-6.411.413276143.30.0550.798
6.41-1001.211086136.30.0470.83

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1lp3

1lp3


解像度: 2.603→14.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 5095 3.99 %thin resolution shells
Rwork0.19 ---
obs0.19 127791 28.05 %-
all-127791 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.056 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 163.39 Å2 / Biso mean: 90.642 Å2 / Biso min: 51.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.838 Å20 Å20 Å2
2---26.838 Å20 Å2
3---28.936 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.603→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数83080 0 440 0 83520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00386120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.746117620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04712200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00315600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.44830480
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
12B4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
13C4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
14D4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
15E4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
16F4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
17G4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
18H4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
19I4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
110J4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
111K4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
112L4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
113M4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
114N4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
115O4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
116P4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
117Q4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
118R4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
119S4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
120T4176X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.001
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.603-2.6480.3772571
2.648-2.6960.3543039
2.696-2.7480.3433453
2.748-2.8030.3583790.34614681847
2.803-2.8640.3423448
2.864-2.930.345639
2.93-3.0030.315560.31859756531
3.003-3.0830.3127742
3.083-3.1730.3046789
3.173-3.2740.2956130.27441184731
3.274-3.390.2568133
3.39-3.5240.2125310.22881898720
3.524-3.6820.2138995
3.682-3.8730.1954939
3.873-4.1110.2054840.17289519435
4.111-4.4210.159770
4.421-4.8520.1774150.14364766891
4.852-5.5240.1692230.149994410167
5.524-6.8470.136240.15278177841
6.847-14.990.186930.13270177110

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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