[日本語] English
万見
- PDB-3khy: Crystal Structure of a propionate kinase from Francisella tularen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khy
タイトルCrystal Structure of a propionate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
要素Propionate kinase
キーワードTRANSFERASE / propionate kinase / CSGID / IDP01739 / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / National Institutes of Health / Department of Health and Human Services / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate kinase / organic acid metabolic process / acetate kinase activity / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.978 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Skarina, T. / Sharma, S. / Wang, Y. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a propionate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Brunzelle, J.S. / Sharma, S.S. / Skarina, T. / Wang, Y. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月1日Group: Database references / Structure summary

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Propionate kinase
B: Propionate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5192
ポリマ－85,5192
非ポリマー00
水11,818656
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.079, 87.127, 149.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Propionate kinase


分子量: 42759.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
遺伝子: FTT1753, FTT_1753, tdcD / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q5NE95, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; カルボキシル基に移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NaFormate 4M, 0.3M 195 NDSB, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 / 詳細: Be-Lenes
放射モノクロメーター: Diamond-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→30 Å / Num. obs: 117233 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 5848 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
PHENIX(phenix.AutoSol: 1.4_115)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_115)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.4_115位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.978→28.51 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 3066 5.08 %RANDOM
Rwork0.1553 ---
all0.1572 60374 --
obs0.1553 60374 97.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.227 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.978→28.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5923 0 0 656 6579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0118225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7642191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071953
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.978-2.0490.24172920.16394974X-RAY DIFFRACTION86
2.049-2.1310.19612900.14825598X-RAY DIFFRACTION96
2.131-2.2280.20272980.14365654X-RAY DIFFRACTION97
2.228-2.34540.19182990.1415724X-RAY DIFFRACTION98
2.3454-2.49230.20263110.14925750X-RAY DIFFRACTION98
2.4923-2.68460.20983130.16155766X-RAY DIFFRACTION99
2.6846-2.95450.21752970.18275852X-RAY DIFFRACTION100
2.9545-3.38140.21253170.17215883X-RAY DIFFRACTION100
3.3814-4.25790.16473280.13435937X-RAY DIFFRACTION100
4.2579-28.51340.1693210.15336170X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1045-0.09670.02620.5675-0.05760.9269-0.2171-0.07380.1013-0.15730.0157-0.08050.5254-0.0736-0.00550.3343-0.07190.05550.2106-0.0230.154340.720733.201367.8238
20.4807-0.0187-0.17590.6809-0.17170.5184-0.2282-0.072-0.1876-0.09780.1159-0.15430.71370.18720.01330.34570.12210.06980.211-0.01610.180945.589231.478476.845
30.13890.0920.04550.32250.17080.8149-0.2637-0.0755-0.33130.0009-0.02330.00980.8473-0.1576-0.00180.61750.03720.10050.15430.00820.270139.26826.75185.3165
40.3123-0.2913-0.18790.3704-0.24330.9780.0053-0.04570.00290.0186-0.0021-0.0420.15940.23690.00540.11480.0237-0.02190.12660.01280.115536.051847.707291.0271
50.774-0.1778-0.45890.3679-0.22360.5333-0.04440.1505-0.0882-0.0589-0.0339-0.020.1743-0.1236-0.00020.1191-0.020.00190.1553-0.01340.127115.573148.046479.4866
60.4646-0.0775-0.18390.17590.01660.90820.05180.02460.08690.02590.021-0.072-0.07860.107-00.0805-0.01110.00210.13450.00560.124835.573760.379680.5116
70.70460.19410.51930.5625-0.19321.66050.2619-0.1029-0.04440.1165-0.11480.2073-0.0609-0.0087-0.00090.1927-00.03330.10330.00630.178-7.00458.1992119.4931
80.86340.2285-0.24490.7678-0.30680.8336-0.02220.3246-0.1535-0.0074-0.04720.09650.0361-0.4055-0.12020.07810.01320.01360.2324-0.02590.1567-8.578156.4183101.3174
90.39240.0433-0.20110.40030.36290.5060.06670.01930.04420.0128-0.0110.109-0.0397-0.17660.01010.09890.00730.01010.10470.01450.12189.363262.672394.2102
100.55810.189-0.25250.36690.04230.2066-0.0518-0.1513-0.08710.1447-0.03660.1190.0441-0.0241-0.01060.1706-0.00020.01360.12960.03330.120819.638446.03106.1427
110.5819-0.05-0.03350.64520.51940.45620.0483-0.16630.18940.09080.0378-0.1422-0.13440.1604-00.1194-0.01950.00680.1237-0.03810.136923.304769.5328105.1893
120.46360.0037-0.49490.15960.12180.62510.3209-0.00210.2421-0.3385-0.1798-0.1031-0.48780.05570.040.28720.06250.07340.11820.04910.2288-4.177969.139105.5052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:61)A1 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 62:99)A62 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 100:134)A100 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 135:224)A135 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 225:298)A225 - 298
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 299:384)A299 - 384
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:77)B1 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 78:141)B78 - 141
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 142:224)B142 - 224
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 225:299)B225 - 299
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 300:370)B300 - 370
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 371:384)B371 - 384

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る