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Yorodumi- PDB-3khy: Crystal Structure of a propionate kinase from Francisella tularen... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3khy | ||||||
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Title | Crystal Structure of a propionate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 | ||||||
Components | Propionate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / propionate kinase / CSGID / IDP01739 / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / National Institutes of Health / Department of Health and Human Services / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetate kinase / organic acid metabolic process / acetate kinase activity / acetyl-CoA biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.978 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Skarina, T. / Sharma, S. / Wang, Y. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of a propionate kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 Authors: Brunzelle, J.S. / Sharma, S.S. / Skarina, T. / Wang, Y. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3khy.cif.gz | 171 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3khy.ent.gz | 143.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3khy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42759.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) Gene: FTT1753, FTT_1753, tdcD / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL References: UniProt: Q5NE95, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Phosphotransferases with a carboxy group as acceptor #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: NaFormate 4M, 0.3M 195 NDSB, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 23, 2009 / Details: Be-Lenes |
Radiation | Monochromator: Diamond-111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→30 Å / Num. obs: 117233 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 18 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 5848 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.978→28.51 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.227 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.978→28.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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