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万見
- PDB-3khl: Dpo4 post-extension ternary complex with misinserted A opposite t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khl
タイトルDpo4 post-extension ternary complex with misinserted A opposite the 2-aminofluorene-guanine [AF]G lesion
要素
  • 5'-D(*CP*C*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*(DDG))-3'
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / Lesion bypass / DNA polymerase / Y-family polymerase / 2-aminofluorene / semi-targeted mutagenesis / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / DNA REPLICATION / DNA-BINDING / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / MAGNESIUM / METAL-BINDING / MUTATOR PROTEIN / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINOFLUORENE / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Malinina, L. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mechanism of error-free and semitargeted mutagenic bypass of an aromatic amine lesion by Y-family polymerase Dpo4.
著者: Rechkoblit, O. / Kolbanovskiy, A. / Malinina, L. / Geacintov, N.E. / Broyde, S. / Patel, D.J.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
D: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*(DDG))-3'
E: 5'-D(*CP*C*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
B: DNA polymerase IV
H: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*(DDG))-3'
J: 5'-D(*CP*C*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,53516
ポリマ－97,9686
非ポリマー1,56710
水5,693316
1
A: DNA polymerase IV
D: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*(DDG))-3'
E: 5'-D(*CP*C*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7688
ポリマ－48,9843
非ポリマー7845
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-22.6 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase IV
H: 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*(DDG))-3'
J: 5'-D(*CP*C*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7688
ポリマ－48,9843
非ポリマー7845
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-27.5 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.389, 52.674, 100.103
Angle α, β, γ (deg.)82.19, 76.40, 70.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 38945.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
株: P2 / DSM 1617 / JCM 11322 / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL(STRATAGENE) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 DHEJ

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*(DDG))-3'


分子量: 4070.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA primer strand (Dideoxy-terminated at the 3'-end)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*C*TP*AP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3'


分子量: 5967.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA [AF]G-modified template strand

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非ポリマー , 4種, 326分子

#4: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-AF / 2-AMINOFLUORENE / 2-アミノフルオレン


分子量: 181.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細For chains E and J, the 19-mer sequence of the DNA oligo is 5'-C T A A C [AF]G C T A C C A T C C A ...For chains E and J, the 19-mer sequence of the DNA oligo is 5'-C T A A C [AF]G C T A C C A T C C A A C C-3', where [AF]G denotes a covalent modification by AF on the G base 906 in chain E and the G base 1906 in chain J.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 100 mM Calcium acetate, 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2Calcium acetate11
3PEG 400011
4HEPES12
5Calcium acetate12
6PEG 400012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 55384 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3947 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ASD

2asd


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 12.142 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26254 2797 5.1 %RANDOM
Rwork0.20524 ---
obs0.20811 52487 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.655 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å21.67 Å2-0.75 Å2
2---1.07 Å20.63 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5480 1227 92 316 7115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4612.2249770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.385686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.15123.566244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.21151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5451549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8361.53432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30625555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78933643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8324.54215
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 193 -
Rwork0.259 3565 -
obs--90.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8029-1.945-0.8283.3680.26641.53850.24430.4709-0.3278-0.5883-0.50080.02390.2852-0.21520.25650.39-0.02260.01260.2659-0.06320.35494.3222-11.1453-8.6285
21.3541-1.0432-0.45182.93230.48662.4073-0.2422-0.29340.20830.71280.19060.1218-0.1346-0.24780.05150.31860.055-0.0020.4049-0.03610.261-22.314833.0302-46.9242
30.3906-0.3557-0.16422.28650.1370.20250.09960.0393-0.09-0.0081-0.08440.0723-0.0192-0.0489-0.01520.0917-0.06380.00040.0917-0.0220.0821-1.14392.4611.5486
41.0002-0.3697-0.531.136-0.20671.9361-0.054-0.08150.02630.12340.0073-0.06060.05420.12290.04670.01940.0112-0.01490.13820.01060.049-12.36121.9109-56.5379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E902 - 918
2X-RAY DIFFRACTION1D803 - 814
3X-RAY DIFFRACTION1A414
4X-RAY DIFFRACTION2J1901 - 1918
5X-RAY DIFFRACTION2H1803 - 1814
6X-RAY DIFFRACTION2B1414
7X-RAY DIFFRACTION3A1 - 341
8X-RAY DIFFRACTION4B1001 - 1341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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