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- PDB-3kga: Crystal structure of MAPKAP kinase 2 (MK2) complexed with a poten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kga
タイトルCrystal structure of MAPKAP kinase 2 (MK2) complexed with a potent 3-aminopyrazole ATP site inhibitor
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Small molecule inhibitor / 3-aminopyrazole scaffold / Scaffold hoping / ATP-site kinase inhibitor / Induced fit / Novel hydrophobic pocket / Activation loop deletion / Alternative splicing / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / response to cytokine / regulation of mRNA stability / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / ciliary basal body / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LX9 / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kroemer, M. / Velcicky, J. / Izaac, A. / Be, C. / Huppertz, C. / Pflieger, D. / Schlapbach, A. / Scheufler, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Novel 3-aminopyrazole inhibitors of MK-2 discovered by scaffold hopping strategy.
著者: Velcicky, J. / Feifel, R. / Hawtin, S. / Heng, R. / Huppertz, C. / Koch, G. / Kroemer, M. / Moebitz, H. / Revesz, L. / Scheufler, C. / Schlapbach, A.
履歴
登録2009年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0083
ポリマ－34,5641
非ポリマー4442
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.120, 103.120, 165.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 34564.043 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain / 変異: DELTA216-236, P237G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Tuner
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-LX9 / 6-{3-amino-1-[3-(1H-indol-6-yl)phenyl]-1H-pyrazol-4-yl}-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one


分子量: 419.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M BICINE, 1.3M SODIUM MALONATE, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月30日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 17605 / Num. obs: 17605 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1967 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.3.0040位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.55→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 7.121 / SU ML: 0.157 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23459 881 5 %RANDOM
Rwork0.18002 ---
obs0.18274 16723 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0.58 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 33 100 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9813272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1025294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17223.922102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59115435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4351515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.3995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.51620
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.5218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.01121515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.24332375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9334.51045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0816897
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.639 Å / Rfactor Rfree error: 0.234 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 85 -
Rwork0.241 1598 -
obs-1598 99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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