PDB-3kg2: AMPA subtype ionotropic glutamate receptor in complex with compet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kg2

タイトル

AMPA subtype ionotropic glutamate receptor in complex with competitive antagonist ZK 200775

要素

Glutamate receptor 2

キーワード

membrane protein / transport protein / ion channel / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Receptor / RNA editing / Synapse / Transmembrane / Transport / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / cellular response to amine stimulus / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / cellular response to amine stimulus / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / kainate selective glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / ionotropic glutamate receptor complex / immunoglobulin binding / asymmetric synapse / conditioned place preference / regulation of receptor recycling / glutamate receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / cytoskeletal protein binding / regulation of long-term synaptic depression / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / synaptic membrane / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / cerebral cortex development / receptor internalization / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / presynaptic membrane / scaffold protein binding / perikaryon / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / synapse / protein kinase binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Sobolevsky, A.I. / Rosconi, M.P. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: X-ray structure, symmetry and mechanism of an AMPA-subtype glutamate receptor.
著者: Sobolevsky, A.I. / Rosconi, M.P. / Gouaux, E.

履歴

登録	2009年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2015年5月27日	Group: Refinement description
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kg2.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kg2.ent.gz	955.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kg2_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kg2_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	3kg2_validation.xml.gz	108.6 KB	表示
CIF形式データ	3kg2_validation.cif.gz	139.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kgcC 1ftlS 3h5vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l1f-d 5l1g-d 4u4f-d 4u5b-d 6xsr-d 4u5d-d 4u5f-d 5l1e-d 4u5e-d 5l1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (15) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

C: Glutamate receptor 2

D: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

372 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.715, 109.848, 161.130
Angle α, β, γ (deg.)	85.32, 84.75, 78.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

#1: タンパク質

Glutamate receptor 2 / GluR-2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / AMPA-selective glutamate receptor 2

分子量: 92043.039 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 25-847
変異: N241E, N385D, N392Q, K410A, E413A, M414A, E416A, and C589A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P19491

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-ZK1 / {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / [[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid / ZK-200775

分子量: 409.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅F₃N₃O₆P / コメント: アンタゴニスト, 薬剤*YM

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.08 %
結晶化	温度: 277 K / 詳細: Under paraffin oil, temperature 277K / PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日詳細: VERTICALLY COLLIMATING PREMIRROR, LN2 COOLED DOUBLE- CRYSTAL SILICON (111) MONOCHROMATOR, TOROIDAL FOCUSING M2 MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 69301 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 136.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 3H5V and 1FTL

3h5v

1ftl

解像度: 3.6→49.89 Å / SU ML: 0.01 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	3483	5.03 %
R_work	0.286	-	-
obs	0.287	69301	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.87 Å² / k_sol: 0.21 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 192.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.6279 Å²	-1.4252 Å²	35.0738 Å²
2-	-	14.5974 Å²	-13.3631 Å²
3-	-	-	1.0304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22400	0	286	0	22686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	23200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.442	31770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.696	7414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	3788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	4032

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
1	3	C	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
1	4	D	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
2	1	A	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003
3	1	B	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	C	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
4	1	A	498	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	498	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
4	3	C	498	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
4	4	D	498	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
5	1	A	793	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	793	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
5	3	C	793	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
5	4	D	793	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
6	1	A	254	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	254	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
6	3	C	254	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003
6	4	D	254	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003
7	1	A	310	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	310	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
7	3	C	310	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
7	4	D	310	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
8	1	A	95	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	C	95	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.133
9	1	B	95	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	D	95	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
10	1	A	995	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	B	995	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
10	3	C	995	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
10	4	D	995	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
11	1	A	29	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	B	29	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
11	3	C	29	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
11	4	D	29	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
12	1	A	217	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	B	217	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003
12	3	C	217	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
12	4	D	217	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
13	1	A	27	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
13	2	B	27	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003
13	3	C	27	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003
13	4	D	27	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6029-3.6523	0.4564	127	0.4	2574	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6523-3.7044	0.4355	140	0.3898	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7044-3.7597	0.3651	138	0.3732	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7597-3.8184	0.3459	133	0.3718	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8184-3.881	0.3863	145	0.3667	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
3.881-3.9479	0.3608	142	0.3662	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9479-4.0197	0.3646	146	0.3523	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0197-4.0969	0.279	153	0.3375	2605	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0969-4.1805	0.3299	133	0.3256	2601	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1805-4.2714	0.3472	168	0.3207	2612	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2714-4.3707	0.324	127	0.2952	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3707-4.4799	0.3025	142	0.2918	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4799-4.601	0.2891	135	0.2788	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
4.601-4.7363	0.3202	132	0.2786	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7363-4.889	0.3309	137	0.2631	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
4.889-5.0636	0.2687	145	0.2669	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0636-5.2661	0.283	151	0.2728	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2661-5.5055	0.2868	144	0.2789	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5055-5.7953	0.2639	132	0.2807	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7953-6.1578	0.2812	124	0.2859	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1578-6.6323	0.298	127	0.2536	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6323-7.2979	0.2882	143	0.2547	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2979-8.3496	0.2441	142	0.2288	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3496-10.5035	0.2075	138	0.198	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
10.5035-49.8923	0.2758	139	0.3009	2581	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1866	0.8276	-2.7656	3.5819	-0.6338	4.4906	-0.4393	-0.4141	-0.2053	0.1149	0.1389	0.3673	0.4525	-0.0347	-0.0001	1.1755	0.1172	-0.094	0.9922	-0.0765	1.2748	-54.2082	-14.6743	-29.0048
2	7.0202	1.8649	-0.4123	3.7853	0.4865	1.6963	-0.0033	-0.062	-0.1282	0.2306	-0.0814	0.1333	0.0655	-0.1767	-0	0.9697	0.052	-0.1426	1.086	-0.1024	1.0511	-59.8244	17.1572	-15.8351
3	2.158	0.5319	0.2052	2.2389	-0.2064	4.141	0.1953	-0.978	0.481	0.947	0.1588	0.3133	-1.3937	0.4532	-0	2.0145	-0.1212	0.0263	2.2069	-0.3013	1.5458	-13.1732	61.0715	12.9931
4	2.9141	0.5481	1.0503	2.8931	0.4216	6.061	-0.1626	-1.4817	-0.6442	1.1121	-0.3181	0.1578	0.361	-0.051	-0.0002	1.1027	0.0576	0.0649	2.1948	0.1941	1.476	-14.4742	26.2459	14.5404
5	4.237	2.1328	-0.6742	2.6953	-0.2799	2.2275	-0.3505	0.7675	0.1015	-0.4725	0.2638	0.3604	0.0866	-0.105	-0.0001	1.4698	-0.0416	-0.1147	1.1687	-0.0343	1.2136	-18.629	9.7851	-65.4644
6	3.2927	-0.3844	-1.4791	1.7716	0.2336	3.6182	0.2218	0.6243	0.154	-0.5232	-0.0917	0.1772	-0.4164	-0.1414	0.0001	1.6782	-0.0561	-0.0144	0.89	0.0487	1.4563	-15.0394	59.3039	-53.7743
7	2.8573	0.2634	-0.7682	2.4451	0.58	3.4729	-0.0891	0.064	-0.2942	-0.1868	0.2535	-0.5814	0.0003	1.1697	-0.0001	1.5273	-0.2939	0.1111	1.3939	-0.1378	1.5073	6.9738	55.7359	-39.5385
8	3.7388	0.6864	0.4178	1.7212	-0.482	2.3471	0.0185	0.1997	-0.6461	-0.4386	-0.3051	-0.5521	0.6861	0.5598	0	1.5168	0.1737	-0.0253	1.3065	0.0202	1.3069	5.1566	4.2517	-54.9975
9	4.2412	0.2272	-0.8388	3.0735	0.0993	2.5848	-0.1844	1.0725	0.1563	-0.9005	0.2728	-0.5289	-0.0865	0.6428	-0	1.9178	0.0186	0.1636	2.2026	0.2728	1.1823	24.6042	40.143	-98.5753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 10:381	A	10 - 381
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 10:381	B	10 - 381
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and resid 10:381	C	10 - 381
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and resid 10:381	D	10 - 381
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 396:503 or resid 635:773)	A	396 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 396:503 or resid 635:773)	A	635 - 773
7	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 396:503 or resid 635:773)	B	396 - 503
8	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and (resid 396:503 or resid 635:773)	B	635 - 773
9	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 396:503 or resid 635:773)	C	396 - 503
10	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 396:503 or resid 635:773)	C	635 - 773
11	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and (resid 396:503 or resid 635:773)	D	396 - 503
12	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and (resid 396:503 or resid 635:773)	D	635 - 773
13	X-RAY DIFFRACTION	9	resid 513:544 or resid 568:634 or resid 788:817		0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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