PDB-3kfl: Leishmania major methionyl-tRNA synthetase in complex with methio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kfl

タイトル

Leishmania major methionyl-tRNA synthetase in complex with methionyladenylate and pyrophosphate

要素

Methionyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / Leishmania / parasite / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA ligase / aaRS / MetRS / methionine / translation / ATP-binding / nucleotide-binding / Structural Genomics / MSGPP / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2011
タイトル: Structure of Leishmania major methionyl-tRNA synthetase in complex with intermediate products methionyladenylate and pyrophosphate.
著者: Larson, E.T. / Kim, J.E. / Zucker, F.H. / Kelley, A. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Merritt, E.A. / Hol, W.G.

履歴

登録	2009年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kfl.cif.gz	237.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kfl.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kfl_validation.pdf.gz	735.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kfl_full_validation.pdf.gz	736.2 KB	表示
XML形式データ	3kfl_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	3kfl_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2csxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eg6-1 3wmc-d 5y0v-d 4eg7-1 6ukn-d 4zt7-2 6swx-d 4eg1-2 3s6t-d 4eg4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj000779AAC

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (2)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

65.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.816, 88.802, 101.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase 分子量: 63984.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 206-747 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LmjF21.0810, MetRS / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QCD2, methionine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Methionyl-tRNA synthetase

分子量: 63984.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 206-747 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF21.0810, MetRS / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QCD2, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 7種, 232分子

#2: 化合物	ChemComp-ME8 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl] (2S)-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate / L-methionine-AMP / methionyl-adenylate / 5′-O-[ヒドロキシ[(L-メチオニル)オキシ]ホスフィニル]アデノシン分子量: 478.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₆O₈PS
#3: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 microliters 24.44 mg/ml protein soln. [in 25 mM HEPES (pH 7.0), 500 mM NaCl, 0.025% Na-azide, 5% glycerol, 0.01 mM ZnCl2, 10 mM L-Met, 10 mM ATP] + 2 microliters well soln. [0.2 M K- ...詳細: 2 microliters 24.44 mg/ml protein soln. [in 25 mM HEPES (pH 7.0), 500 mM NaCl, 0.025% Na-azide, 5% glycerol, 0.01 mM ZnCl2, 10 mM L-Met, 10 mM ATP] + 2 microliters well soln. [0.2 M K-formate, 26% PEG 3350 and additives of 10 mM L-Met and 1 mM TCEP]; crystal cryoprotected by quick soak in mother liquor supplemented with 15% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 microliters 24.44 mg/ml protein soln. [in 25 mM HEPES (pH 7.0), 500 mM NaCl, 0.025% Na-azide, 5% glycerol, 0.01 mM ZnCl2, 10 mM L-Met, 10 mM ATP] + 2 microliters well soln. [0.2 M K- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42546 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0096	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2csx

2csx

解像度: 2→37.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 8.108 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20871	2141	5.042 %	RANDOM
R_work	0.16826	-	-	-
all	0.17	-	-	-
obs	0.17033	42461	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.029 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4240	0	82	217	4539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.961	6051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3.001	7371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.815	5	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.248	24.058	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.446	15	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.738	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.66	4	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.561	4	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.397	6	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.141	6	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.297	10	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.004-2.056	0.283	152	0.24	2833	0.242	3096	96.415	0.218
2.056-2.112	0.235	155	0.224	2879	0.225	3038	99.868	0.201
2.112-2.173	0.252	138	0.207	2786	0.209	2925	99.966	0.184
2.173-2.24	0.235	166	0.191	2682	0.194	2852	99.86	0.167
2.24-2.313	0.216	140	0.181	2626	0.183	2770	99.856	0.158
2.313-2.394	0.199	140	0.169	2549	0.171	2690	99.963	0.146
2.394-2.484	0.211	133	0.163	2460	0.166	2593	100	0.141
2.484-2.585	0.265	111	0.174	2367	0.178	2480	99.919	0.151
2.585-2.699	0.185	137	0.16	2287	0.161	2424	100	0.138
2.699-2.83	0.231	102	0.17	2192	0.173	2294	100	0.148
2.83-2.982	0.192	101	0.162	2094	0.164	2196	99.954	0.144
2.982-3.162	0.214	94	0.173	2010	0.175	2104	100	0.154
3.162-3.378	0.238	105	0.173	1841	0.176	1946	100	0.158
3.378-3.647	0.204	91	0.168	1753	0.17	1844	100	0.158
3.647-3.991	0.175	91	0.154	1607	0.155	1698	100	0.15
3.991-4.455	0.169	80	0.136	1470	0.138	1550	100	0.137
4.455-5.132	0.187	62	0.137	1309	0.139	1372	99.927	0.137
5.132-6.256	0.223	65	0.181	1124	0.184	1189	100	0.174
6.256-8.725	0.175	47	0.165	895	0.166	942	100	0.166
8.725-37.165	0.236	31	0.164	556	0.167	587	100	0.185

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.355	-0.2506	1.2812	0.9213	-0.8023	2.7103	0.0669	0.1559	-0.2149	-0.1203	-0.08	-0.0558	0.4175	0.0978	0.0131	0.1453	0.0073	0.0189	0.0301	-0.0357	0.1274	26.8531	35.945	-5.8192
2	7.8028	0.6138	1.9602	2.6443	-0.503	2.603	-0.3242	0.6411	0.9595	0.013	-0.0811	-0.2402	-0.4057	0.4332	0.4054	0.1777	-0.0211	-0.0381	0.1252	0.0793	0.2295	27.7332	57.6164	-18.2997
3	1.8752	-0.5606	0.4384	1.7816	0.1958	2.7688	-0.0059	0.0284	0.011	0.0657	-0.0494	0.0509	0.0191	-0.0803	0.0553	0.0453	-0.0073	-0.0011	0.029	-0.0088	0.1079	17.9825	46.8964	-7.0708
4	1.1445	-0.4907	1.3535	0.5566	-0.7088	2.6248	-0.0033	0.0288	0.0572	0.0158	-0.1301	-0.1458	0.0682	0.316	0.1334	0.1174	0.0195	0.0187	0.1046	0.0239	0.1538	36.9901	40.4721	7.7365
5	1.8921	-0.5736	1.5442	1.3261	-0.6788	3.0966	0.095	-0.1443	-0.1371	-0.0325	-0.0473	-0.1595	0.2674	0.1444	-0.0477	0.1334	0.0078	0.0074	0.0552	0.0391	0.1618	41.3906	31.2788	26.8326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	207 - 325
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	326 - 377
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	378 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	470 - 601
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	602 - 736

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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