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万見
- PDB-3kfi: Major mouse urinary protein IV complexed with 2,5-dimethylpyrazine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfi
タイトルMajor mouse urinary protein IV complexed with 2,5-dimethylpyrazine
要素Major urinary protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / pheromone / major urinary protein / lipocalin / beta barrel / Disulfide bond / Pheromone-binding / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / odorant binding / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / negative regulation of lipid storage ...positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / odorant binding / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / negative regulation of lipid storage / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of gluconeogenesis / mitochondrion organization / aerobic respiration / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5-dimethylpyrazine / Major urinary protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Perez-Miller, S. / Zou, Q. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: High resolution X-ray structures of mouse major urinary protein nasal isoform in complex with pheromones.
著者: Perez-Miller, S. / Zou, Q. / Novotny, M.V. / Hurley, T.D.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major urinary protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0254
ポリマ－18,8461
非ポリマー1793
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.838, 53.444, 61.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Major urinary protein 4 / MUP 4


分子量: 18846.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mup4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11590
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-25R / 2,5-dimethylpyrazine / 2,5-ジメチルピラジン


分子量: 108.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: 0.2-0.5 M calcium chloride dihydrate, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, pH 6, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月6日
放射モノクロメーター: OSMIC CONFOCAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 29102 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 83.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MUP-I (PDB ENTRY 1I06)

1i06


解像度: 1.42→17.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: anisotropic individual / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1464 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.15 27604 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0.53 Å20.8 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→17.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1247 0 10 232 1489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.022
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 89 -
Rwork0.176 --
obs--80.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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