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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ker | ||||||
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タイトル | D-Dopachrome tautomerase (D-DT)/ macrophage migration inhibitory factor 2 (MIF2) complexed with inhibitor 4-IPP | ||||||
![]() | D-dopachrome decarboxylase | ||||||
![]() | CYTOKINE/INHIBITOR / Tautomerase / Inflammation / Cytokine / CYTOKINE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / melanin biosynthetic process / positive regulation of inflammatory response / protease binding / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zierow, S. / Lolis, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Targeting distinct tautomerase sites of D-DT and MIF with a single molecule for inhibition of neutrophil lung recruitment. 著者: Rajasekaran, D. / Zierow, S. / Syed, M. / Bucala, R. / Bhandari, V. / Lolis, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 486.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: chain A,A,A, using strict) NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12959.976 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-RW1 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M Sodium Citrate, 0.1M Tris, 0.2M NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 13925 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 0.732 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Num. unique all: 1384 / Χ2: 0.63 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 33.07 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3KAN 解像度: 2.78→31.23 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: One protein chain was refined using strict NCS, and NCS symmetry operators were used to generate the other three peptide polymers in the asymmetric unit. NCS averaged maps were also used. The ...詳細: One protein chain was refined using strict NCS, and NCS symmetry operators were used to generate the other three peptide polymers in the asymmetric unit. NCS averaged maps were also used. The deposited model therefore is an averaged model from all four peptide polymers in the asymmetric unit. The final model deposited has been generated by real-space transformations of chain A. The real space rotation matrix to generate chain B is described by: ( -0.24621 0.22510 0.94271 ) ( 0.82241 0.56320 0.08031 ) ( -0.51286 0.79507 -0.32379 ). The real space translation vector is described by: (4.46522 -21.53777 46.77695). Chain C was generated using real space rotation matrix: ( -0.23956 0.81293 -0.53080 ) ( 0.23408 0.57896 0.78104 ) ( 0.94224 0.06285 -0.32898 ) and real-space translation vector: (42.49111 -25.63348 12.28672). Chain D was generated using real space rotation matrix: ( -0.23956 0.81293 -0.53080 ) ( 0.23408 0.57896 0.78104 ) ( 0.94224 0.06285 -0.32898) and the real-space translation vector: (47.24985 5.40733 42.11218)
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溶媒の処理 | Bsol: 42.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.24 Å2 / Biso mean: 42.715 Å2 / Biso min: 23.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.78→31.23 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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Xplor file |
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