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- PDB-3ker: D-Dopachrome tautomerase (D-DT)/ macrophage migration inhibitory ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ker
タイトルD-Dopachrome tautomerase (D-DT)/ macrophage migration inhibitory factor 2 (MIF2) complexed with inhibitor 4-IPP
要素D-dopachrome decarboxylase
キーワードCYTOKINE/INHIBITOR / Tautomerase / Inflammation / Cytokine / CYTOKINE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome decarboxylase activity / melanin biosynthetic process / positive regulation of inflammatory response / protease binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-phenylpyrimidine / D-dopachrome decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Zierow, S. / Lolis, E.
引用ジャーナル: Faseb J. / : 2014
タイトル: Targeting distinct tautomerase sites of D-DT and MIF with a single molecule for inhibition of neutrophil lung recruitment.
著者: Rajasekaran, D. / Zierow, S. / Syed, M. / Bucala, R. / Bhandari, V. / Lolis, E.J.
履歴
登録2009年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年10月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase
D: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,98224
ポリマ-51,8404
非ポリマー1,14220
1448
1
A: D-dopachrome decarboxylase
B: D-dopachrome decarboxylase
C: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,73718
ポリマ-38,8803
非ポリマー85715
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
D: D-dopachrome decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2466
ポリマ-12,9601
非ポリマー2865
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.172, 82.172, 144.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain A,A,A, using strict)
NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.2462, 0.2251, 0.9427), (0.8224, 0.5632, 0.0803), (-0.5129, 0.7951, -0.3238)4.4652, -21.5378, 46.777
3given(-0.2396, 0.8129, -0.5308), (0.2341, 0.579, 0.781), (0.9422, 0.0628, -0.329)42.4911, -25.6335, 12.2867
4given(-0.8261, 0.2096, 0.523), (-0.3698, 0.4986, -0.784), (-0.4251, -0.8411, -0.3344)47.2499, 5.4073, 42.1122

-
要素

#1: タンパク質
D-dopachrome decarboxylase / D-dopachrome tautomerase


分子量: 12959.976 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ddt / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: O35215, D-dopachrome decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-RW1 / 4-phenylpyrimidine / 6-phenylpyrimidine / 4-フェニルピリミジン


分子量: 156.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H8N2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M Sodium Citrate, 0.1M Tris, 0.2M NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 13925 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 0.732 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Num. unique all: 1384 / Χ2: 0.63 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.07 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.78 Å31.24 Å
Translation2.78 Å31.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KAN
解像度: 2.78→31.23 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: One protein chain was refined using strict NCS, and NCS symmetry operators were used to generate the other three peptide polymers in the asymmetric unit. NCS averaged maps were also used. The ...詳細: One protein chain was refined using strict NCS, and NCS symmetry operators were used to generate the other three peptide polymers in the asymmetric unit. NCS averaged maps were also used. The deposited model therefore is an averaged model from all four peptide polymers in the asymmetric unit. The final model deposited has been generated by real-space transformations of chain A. The real space rotation matrix to generate chain B is described by: ( -0.24621 0.22510 0.94271 ) ( 0.82241 0.56320 0.08031 ) ( -0.51286 0.79507 -0.32379 ). The real space translation vector is described by: (4.46522 -21.53777 46.77695). Chain C was generated using real space rotation matrix: ( -0.23956 0.81293 -0.53080 ) ( 0.23408 0.57896 0.78104 ) ( 0.94224 0.06285 -0.32898 ) and real-space translation vector: (42.49111 -25.63348 12.28672). Chain D was generated using real space rotation matrix: ( -0.23956 0.81293 -0.53080 ) ( 0.23408 0.57896 0.78104 ) ( 0.94224 0.06285 -0.32898) and the real-space translation vector: (47.24985 5.40733 42.11218)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 695 5 %random
Rwork0.222 ---
obs-13889 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 42.23 Å2
原子変位パラメータBiso max: 79.24 Å2 / Biso mean: 42.715 Å2 / Biso min: 23.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.397 Å20 Å20 Å2
2---1.397 Å20 Å2
3---2.794 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→31.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 64 8 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4732.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプWeight
11AX-RAY DIFFRACTION0strict300
11AX-RAY DIFFRACTION0strict300
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5newDRGCNS.PARnewDRGCNS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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