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- PDB-3keg: X-ray Crystallographic Structure of a Y131F mutant of Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3keg
タイトルX-ray Crystallographic Structure of a Y131F mutant of Pseudomonas Aeruginosa Azoreductase in complex with Methyl RED
要素FMN-dependent NADH-azoreductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Y131F azoreductase / methyl red / Flavoprotein / FMN / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / quinone reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 2-(4-DIMETHYLAMINOPHENYL)DIAZENYLBENZOIC ACID / FMN-dependent NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, C.-J. / Laurieri, N. / Abuhammad, A. / Lowe, E. / Westwood, I. / Ryan, A. / Sim, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Role of tyrosine 131 in the active site of paAzoR1, an azoreductase with specificity for the inflammatory bowel disease prodrug balsalazide
著者: Wang, C.-J. / Laurieri, N. / Abuhammad, A. / Lowe, E. / Westwood, I. / Ryan, A. / Sim, E.
履歴
登録2009年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6667
ポリマ－46,1222
非ポリマー1,5435
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
2
A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
ヘテロ分子

A: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
B: FMN-dependent NADH-azoreductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,33114
ポリマ－92,2444
非ポリマー3,08710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area13150 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.810, 82.810, 108.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 FMN-dependent NADH-azoreductase 1 / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase 1 / Azo-dye reductase 1


分子量: 23061.074 Da / 分子数: 2 / 変異: Y131F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA0785 / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS
参照: UniProt: Q9I5F3, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MRE / 2-(4-DIMETHYLAMINOPHENYL)DIAZENYLBENZOIC ACID / METHYL RED / メチルレッド


分子量: 269.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15N3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % / Mosaicity: 0.56 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 1.0M di-ammonium hydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.405 Å / Num. obs: 25785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.066 / Num. measured all: 180642
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3689

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.37 Å
Translation2.5 Å43.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V9C

2v9c


解像度: 2.1→41.405 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.873 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 1284 5.11 %
Rwork0.1824 --
obs0.1837 25109 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.673 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 171.84 Å2 / Biso mean: 47.239 Å2 / Biso min: 13.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.481 Å20 Å20 Å2
2---1.481 Å20 Å2
3---2.962 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6233 0 184 269 6686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.014482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0391212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.1840.2811320.2182496262893
2.184-2.2830.241350.2062558269395
2.283-2.4040.2241580.1922526268496
2.404-2.5550.2241390.1872604274397
2.555-2.7520.2091380.1852649278798
2.752-3.0290.231300.1842678280899
3.029-3.4670.2111520.1762703285599
3.467-4.3670.191470.15327502897100
4.367-41.4130.1881530.18228613014100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19090.101-0.01230.033-0.0893-0.07320.05230.1524-0.10.0732-0.0493-0.0141-0.1125-0.0151-00.2150.03880.00680.1280.0180.0913-20.8759-1.1229-8.6395
20.0021-0.03490.003-0.02830.00480.0071-0.39910.22090.62690.1827-0.05180.1157-0.43940.344100.4805-0.04630.03290.18170.13010.2798-13.325912.9637-8.4203
30.357-0.62410.18790.49450.04310.02780.0326-0.1003-0.04790.00640.06690.0405-0.10840.0023-00.1351-0.04280.04410.151-0.00610.0618-12.7276-7.91397.8252
40.02470.02790.04940.0108-0.01690.0216-0.4095-0.67670.26180.33460.1603-0.1873-0.00590.197800.32190.01310.09280.3749-0.10690.1793-16.41530.688222.2328
50.0675-0.11950.04010.02270.0721-0.05330.42960.1626-0.11940.28810.1750.0497-0.4487-0.4875-00.24470.00930.06420.16270.00050.1885-26.76941.13430.8567
6-0.0543-0.1647-0.01690.30730.00860.30010.1893-0.0805-0.12720.07660.10610.2275-0.1539-0.007300.13210.03670.09320.13530.01560.218-31.262-1.80965.4435
70.0316-0.01670.02620.018-0.03670.01380.24190.09550.17870.0593-0.08960.3484-0.72980.1518-00.28630.17430.06560.10430.09740.2648-29.53819.3922-9.3511
80.0917-0.0654-0.12860.1757-0.0158-0.0314-0.3122-0.1986-0.11220.01530.22610.0427-0.3560.0868-00.1243-0.02180.08080.23210.11560.1645-24.5009-29.907418.1257
9-0.02470.01960.01490.012-0.0210.02340.28250.1032-0.4874-0.09690.3692-0.19120.37310.1152-00.6547-0.1070.10350.44530.15240.7356-31.6614-43.396419.8758
100.0595-0.0272-0.01970.0006-0.04160.0706-0.1807-0.04180.1961-0.28440.02230.41920.25680.336500.2364-0.01660.07490.10870.00990.2895-22.0756-32.57769.8185
110.1043-0.0754-0.11440.1387-0.00050.0785-0.02950.1603-0.2261-0.05540.0755-0.1085-0.3426-0.0797-00.1452-0.0148-0.01770.1612-0.0910.1319-26.8093-23.6904-12.8118
12-0.0942-0.01-0.089-0.08190.00610.0120.00410.00640.2455-0.07120.15390.18980.26650.1969-00.1998-0.0643-0.00580.1368-0.0290.3181-26.7752-30.8529-4.4427
130.1439-0.2439-0.21440.07770.2538-0.0595-0.0193-0.0504-0.0562-0.055-0.02440.0707-0.11490.032700.1401-0.060.04450.1497-0.00020.2152-28.3274-21.64166.3457
140.1599-0.0073-0.067-0.0455-0.06510.01330.1230.0384-0.0770.3838-0.4660.6278-0.3692-0.35200.2723-0.0614-0.12040.5252-0.07420.5523-43.7216-21.9424-3.9848
150.2971-0.1037-0.47530.18060.12470.06790.0479-0.0864-0.15420.10870.06570.3124-0.1576-0.090600.1608-0.04360.09730.24230.02410.2464-33.4004-16.30416.1467
160.0339-0.08910.04190.1021-0.02150.07830.0947-0.5909-0.1813-0.0536-0.11010.3234-0.37080.174400.3102-0.05610.22170.49310.1270.2868-30.9606-25.999529.3
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:28)A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 29:37)A29 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 38:120)A38 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 121:135)A121 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 136:149)A136 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 150:186)A150 - 186
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 199:211)A199 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 2:29)B2 - 29
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 30:36)B30 - 36
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 37:47)B37 - 47
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 48:70)B48 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 71:87)B71 - 87
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 88:120)B88 - 120
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 121:139)B121 - 139
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 140:186)B140 - 186
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 193:211)B193 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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