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- PDB-3ke2: CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF2131 family protein (SAMA_2911) FROM SH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ke2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a DUF2131 family protein (SAMA_2911) FROM SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B AT 2.50 A RESOLUTION
要素uncharacterized protein YP_928783.1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP037266 / Winged helix-turn helix / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / NITRATE ION / Helix-turn-helix domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Shewanella amazonensis SB2B (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION (YP_928783.1) from SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein YP_928783.1
B: uncharacterized protein YP_928783.1
C: uncharacterized protein YP_928783.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3168
ポリマ－39,0063
非ポリマー3105
水1,08160
1
A: uncharacterized protein YP_928783.1
B: uncharacterized protein YP_928783.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1284
ポリマ－26,0042
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
2
C: uncharacterized protein YP_928783.1
ヘテロ分子

C: uncharacterized protein YP_928783.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3768
ポリマ－26,0042
非ポリマー3726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area1970 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.479, 100.509, 114.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-127-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A10 - 67
2114B10 - 67
3114C10 - 67
1216A68 - 74
2216B68 - 74
3216C68 - 74
1314A75 - 103
2314B75 - 103
3314C75 - 103
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND STATIC LIGHT SCATTERING WITH ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein YP_928783.1


分子量: 13001.906 Da / 分子数: 3 / 変異: D107V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella amazonensis SB2B (バクテリア)
株: ATCC BAA-1098 / SB2B / 遺伝子: Sama_2911 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1S9Q7
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. DNA SEQUENCING OF THE CLONED CONSTRUCT SHOWS A VALINE AT POSITION 107 INSTEAD OF AN ASPARTATE. THE VALINE AT POSITION 107 IS SUPPORTED BY THE ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.2000M K2NO3, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 6.9, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162,0.97917
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979171
反射解像度: 2.5→29.921 Å / Num. obs: 13572 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 51.638 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.08
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.590.4231.848912530198.3
2.59-2.690.3242.447412444199.1
2.69-2.810.2523.249052521198.8
2.81-2.960.1744.550042574199.3
2.96-3.150.126.451572642199
3.15-3.390.0769.748432499199
3.39-3.730.04715.149262527198.8
3.73-4.260.03321.248952509198.7
4.26-5.350.02725.749822545198.6
5.35-29.9210.02230.550702561197.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.921 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU B: 23.302 / SU ML: 0.227 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.281
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLS MOTION SERVER. 5. NITRATE IONS (NO3)FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION; AND ETHYLENE GLYCOLS (EDO)USED AS A CRYOPROTECTANT ARE MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 667 4.9 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 13554 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.15 Å2 / Biso mean: 22.077 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2318 0 20 60 2398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9433296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85134019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.3055309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.17322.564117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.60315419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7631524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4621.51493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0971.5614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90122368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5463946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4124.5920
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1076MEDIUM POSITIONAL0.330.5
2B1076MEDIUM POSITIONAL0.390.5
3C1076MEDIUM POSITIONAL0.430.5
1A93LOOSE POSITIONAL0.775
2B93LOOSE POSITIONAL1.215
3C93LOOSE POSITIONAL1.55
1A1076MEDIUM THERMAL0.492
2B1076MEDIUM THERMAL0.452
3C1076MEDIUM THERMAL0.532
1A93LOOSE THERMAL0.9310
2B93LOOSE THERMAL0.9610
3C93LOOSE THERMAL1.0710
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.478 53 -
Rwork0.33 914 -
all-967 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0737-1.6778-0.64354.83381.55482.75280.09980.0267-0.1752-0.2906-0.00220.03430.0463-0.0406-0.09760.14840.018-0.03220.01090.01530.218920.99241.28643.428
21.6875-2.2089-0.74424.72180.61692.3992-0.2637-0.4150.06060.56090.3440.02680.0216-0.0817-0.08030.16250.0887-0.05680.192-0.00910.287736.38418.88648.71
36.6280.4843-0.49321.3831-0.11262.20250.007-0.64650.01310.1393-0.0050.02830.0511-0.0971-0.00190.0585-0.0288-0.02640.1061-0.01440.185412.66911.65133.348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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