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- PDB-3kdk: Structure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis MutL boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kdk
タイトルStructure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis MutL bound to Zn2+
要素DNA mismatch repair protein mutL
キーワードHYDROLASE / mismatch repair / MutL / endonuclease / Zn-binding protein / DNA damage / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain ...MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / formyl-coa transferase, domain 3 / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Guarne, A. / Pillon, M.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Structure of the endonuclease domain of MutL: unlicensed to cut.
著者: Pillon, M.C. / Lorenowicz, J.J. / Uckelmann, M. / Klocko, A.D. / Mitchell, R.R. / Chung, Y.S. / Modrich, P. / Walker, G.C. / Simmons, L.A. / Friedhoff, P. / Guarne, A.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein mutL
B: DNA mismatch repair protein mutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9966
ポリマ－45,7342
非ポリマー2624
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.231, 74.608, 182.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein mutL


分子量: 22867.223 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 434-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU17050, mutL / プラスミド: pProEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P49850
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 mM ZnCl2, 0.1 M TRIS pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 41093 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GAB

3gab


解像度: 2.26→32.75 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 2113 5.15 %
Rwork0.2141 --
obs0.2169 41004 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.938 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.404 Å20 Å2-0 Å2
2--3.826 Å2-0 Å2
3----5.229 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→32.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 4 74 3114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7454192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3311180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.33670.3512120.27133810X-RAY DIFFRACTION97
2.3367-2.43020.3162240.25463856X-RAY DIFFRACTION100
2.4302-2.54080.31332260.24713943X-RAY DIFFRACTION100
2.5408-2.67470.32241960.23483849X-RAY DIFFRACTION100
2.6747-2.84220.25822490.22323911X-RAY DIFFRACTION100
2.8422-3.06140.28942110.233906X-RAY DIFFRACTION100
3.0614-3.36930.30051890.22423930X-RAY DIFFRACTION100
3.3693-3.85610.25871960.2013912X-RAY DIFFRACTION100
3.8561-4.85580.23342200.17683900X-RAY DIFFRACTION100
4.8558-32.7530.21381900.18983874X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.76610.4523-0.35770.4257-0.17550.60310.02290.0551-0.0544-0.04350.082-0.0008-0.29630.362800.2572-0.03760.02020.2244-0.01890.1945-1.4839-5.91811.1181
21.72840.611-0.05011.6681-0.080.96420.8060.41710.3023-0.3687-0.7139-0.0807-0.69240.4522-0.00050.86360.05540.21740.62420.10440.1489
30.88571.2414-0.46451.6917-0.65381.9466-0.0652-0.1159-0.06150.5833-0.0887-0.0944-0.84820.6651-0.07750.1502-0.05610.00420.2092-0.02170.1872
40.365-0.043-0.2821.2606-0.81570.7437-0.0340.0476-0.06690.1263-0.08620.1204-0.08550.04240.00010.2066-0.04160.06310.1316-0.00070.2272
54.0115-0.4765-1.48931.3860.25992.11910.2393-0.83460.13380.0568-0.1585-0.06840.00440.2102-0.00010.1741-0.1095-0.02630.3734-0.00840.1956
61.3310.95230.34941.2846-0.1861.27820.0586-0.0177-0.02430.00420.07970.17340.35790.08830.00010.25040.09180.08180.1442-0.00030.304
精密化 TLSグループSelection details: chain B and resid 581:624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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