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万見
- PDB-3kd8: Cofactor-Independent Phosphoglycerate mutase from Thermoplasma Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kd8
タイトルCofactor-Independent Phosphoglycerate mutase from Thermoplasma Acidophilum DSM 1728
要素2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / phosphoglycerate mutase / structural genomics / PSI-2 / protein genomics / MCSG / glycolysis isomerase / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase activity / glycolytic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase, prokaryotes / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase superfamily / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Joachimiak, A. / Duke, N.E.C. / Marshall, N. / Buck, K. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cofactor-Independent Phosphoglycerate mutase from Thermoplasma Acidophilum DSM 1728
著者: Joachimiak, A. / Duke, N.E.C. / Marshall, N. / Buck, K.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase
B: 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9272
ポリマ－87,9272
非ポリマー00
水2,612145
1
A: 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9641
ポリマ－43,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9641
ポリマ－43,9641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.911, 137.081, 67.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase / Phosphoglyceromutase / BPG-independent PGAM / aPGAM


分子量: 43963.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 遺伝子: apgM, Ta0413 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q9HL27, EC: 5.4.2.1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16M magnesium chloride 0.08M tris HCl, pH 8.5 24% PEG 4000 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97880, 0.97904
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月18日 / 詳細: double-crystal monochromator Si(111)
放射モノクロメーター: Silicon (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.979041
反射解像度: 2.6→73.92 Å / Num. obs: 25760 / % possible obs: 99.84 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 30.75
反射 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.923 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→73.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 12.677 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.18 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Authors state that residue B58 and B270 do not have well-defined side chain because of weak electron density at the region.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28782 1305 5.1 %RANDOM
Rwork0.20737 ---
obs0.21145 24352 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→73.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5616 0 0 145 5761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.9827743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2765723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93923.256258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.48815982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3571557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.53633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52425836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44732098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0044.51907
LS精密化 シェル解像度: 2.598→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 111 -
Rwork0.257 1758 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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