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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kd6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nucleoside Kinase from Chlorobium tepidum in Complex with AMP | ||||||
要素 | Carbohydrate kinase, PfkB family | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / KINASE / PFKB / NUCLEOSIDE KINASE / AMP / PSI-II / NYSGXRC / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / kinase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlorobaculum tepidum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Nucleoside Kinase from Chlorobium tepidum in Complex with AMP 著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kd6.cif.gz | 131.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kd6.ent.gz | 107.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kd6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3kd6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3kd6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3kd6_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3kd6_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/3kd6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35472.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TOP10 (Invitrogen) 由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) 遺伝子: CT0976 / プラスミド: pSGX32 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon+RIL / 参照: UniProt: Q8KDR9 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M SODIUM CHLORIDE 0.1M BIS-TRIS pH 5.5 20% PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50 Å / Num. all: 51078 / Num. obs: 51078 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 4975 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→46.87 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
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