ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.5.0066精密化 Show PDB_EXTRACT3.005 データ抽出 Show CBASSデータ収集 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 2NWX解像度 : 3.51→12 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.94 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.944 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.3 / SU B : 86.374 / SU ML : 0.548 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R Free : 0.559 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.27 1473 5.1 % RANDOM Rwork 0.267 - - - obs 0.267 28969 97.22 % - all - 29864 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 110.55 Å2 / Biso mean : 100.882 Å2 / Biso min : 85.38 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 5.25 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 2.99 Å2 0 Å2 3- - - -8.24 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3.51→12 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 9060 0 36 0 9096
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.01 0.022 9258 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.288 1.984 12636 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg0.097 5 1230 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg0.881 24.111 270 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg0.752 15 1482 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg0.549 15 18 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.081 0.2 1602 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.003 0.021 6636 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.118 1.5 6108 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.226 2 9840 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it0.282 3 3150 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it0.514 4.5 2796
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Ens-ID : 1 / 数 : 3032 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
Auth asym-ID タイプ Rms dev position (Å)Weight position ATIGHT POSITIONAL0.01 0.01 BTIGHT POSITIONAL0.01 0.01 CTIGHT POSITIONAL0.01 0.01 ATIGHT THERMAL0.12 0.5 BTIGHT THERMAL0.12 0.5 CTIGHT THERMAL0.12 0.5
LS精密化 シェル 解像度 : 3.51→3.59 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.434 101 - Rwork 0.41 1634 - all - 1735 - obs - - 84.47 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 7.194 -3.7947 -1.1823 4.5609 -0.4761 5.6643 0.3241 -0.3861 0.3206 0.0211 0.0529 -0.0386 0.2252 -0.4356 -0.377 0.2026 -0.1263 0.0624 0.1591 0.0446 0.1431 -65.5333 -22.9995 -23.4452 2 4.2454 -1.0481 -0.7527 4.8097 -1.8099 10.5473 0.1618 -0.5181 -0.5774 0.2624 0.0222 0.4075 0.7165 -0.841 -0.1839 0.1923 -0.2187 0.0033 0.3575 0.1691 0.294 -75.5739 -33.4682 -14.4507 3 4.2251 -0.1125 -2.3787 2.1659 0.7384 10.8378 0.6749 -0.7468 0.9489 0.2507 0.0906 -0.0383 -2.3563 1.4908 -0.7655 1.534 -0.8895 0.5866 0.5755 -0.4424 0.5167 -41.5009 6.6015 -25.4452 4 5.088 1.8252 2.3328 2.8645 -0.0278 7.7325 -0.0382 -0.7657 -0.8043 -0.1039 -0.2227 -0.5352 1.1539 2.2424 0.2609 0.7105 0.9169 0.0527 1.5887 0.269 0.5785 -25.6637 -44.5271 -30.6989 5 8.6866 2.3288 -4.6245 1.8665 -0.7292 5.8472 0.3882 -0.6939 0.129 -0.1232 0.0103 -0.1983 -1.4301 1.6833 -0.3984 0.4955 -0.5524 0.201 0.6289 -0.2324 0.2025 -40.5698 -9.3169 -31.535 6 2.948 1.9118 -0.6868 7.6985 0.4887 5.214 0.0017 -0.6975 -0.4828 -0.1539 -0.2556 0.2317 1.4217 1.7922 0.2539 0.4348 0.4689 0.0443 0.728 0.1746 0.3453 -41.7484 -38.8408 -31.2537
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A6 - 71 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A117 - 214 3 X-RAY DIFFRACTION 2 A72 - 116 4 X-RAY DIFFRACTION 2 A215 - 416 5 X-RAY DIFFRACTION 3 B72 - 116 6 X-RAY DIFFRACTION 3 B215 - 416 7 X-RAY DIFFRACTION 4 C72 - 116 8 X-RAY DIFFRACTION 4 C215 - 416 9 X-RAY DIFFRACTION 5 B6 - 71 10 X-RAY DIFFRACTION 5 B117 - 214 11 X-RAY DIFFRACTION 6 C6 - 71 12 X-RAY DIFFRACTION 6 C117 - 214