PDB-3kao: Crystal structure of tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Staph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kao

タイトル

Crystal structure of tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Staphylococcus aureus

要素

Tagatose 1,6-diphosphate aldolase

キーワード

LYASE / tagatose 1 / 6-diphosphate aldolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Lactose metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

tagatose-bisphosphate aldolase / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / tagatose-bisphosphate aldolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tagatose 1,6-diphosphate aldolase from Staphylococcus aureus
著者: Chang, C. / Marshall, N. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kao.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kao.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kao_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kao_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	3kao_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	3kao_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/3kao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/3kao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mhg-1 5f4w-1 5ff7-2 3myo-d 5hjl-d 3mhg-2 1gt9-d 5f4s-2 3mhf-1 5f2g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63827

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase

ヘテロ分子

37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.704, 84.704, 202.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-342- HOH

#1: タンパク質	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase / Tagatose-bisphosphate aldolase / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 37146.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 遺伝子: lacD, SAV2192, Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: P0A009, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mM zinc sulfate, 100 mM MES pH 6.5, 12.5 % PEG550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射	モノクロメーター: Si(111)double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 59080 / Num. obs: 59016 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 54.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 6.43 / Num. unique all: 2889 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.355 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17098	2984	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14821	-	-	-
all	0.14935	58917	-	-
obs	0.14935	58917	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2569	0	36	402	3007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.97	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.532	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.368	25.532	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.467	15	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.959	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.59	1.5	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.097	2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.145	3	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.595	4.5	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	205	-
R_work	0.193	4057	-
obs	-	4262	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6629	0.2941	0.2751	1.4534	0.481	0.6739	0.0083	0.0938	-0.0235	-0.1914	-0.0105	0.0256	-0.0036	0.0441	0.0022	0.1262	0.0064	-0.0345	0.0165	-0.002	0.0189	23.8566	28.0802	77.9065
2	1.1644	-0.1811	0.1727	1.0557	-0.3606	1.0813	-0.0228	-0.0514	-0.0261	-0.0601	0.0925	0.1807	0.0212	-0.1864	-0.0697	0.0287	-0.0045	-0.0281	0.0408	0.0215	0.0469	15.627	31.115	95.4539
3	0.8166	-0.1549	0.0235	1.36	0.0677	0.7225	-0.0076	0.0634	0.0598	-0.2588	0.0477	0.2108	-0.1339	-0.1201	-0.0401	0.1354	0.0049	-0.0849	0.0425	0.0367	0.0917	12.3143	40.4323	77.1259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 326

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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