PDB-3kae: Cdc27 N-terminus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kae

タイトル

Cdc27 N-terminus

要素

Possible protein of nuclear scaffold

キーワード

PROTEIN BINDING / tetratricopeptide repeat protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Tetratricopeptide repeat / : / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Barford, D. / Zhang, Z. / Roe, S.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular structure of the N-terminal domain of the APC/C subunit Cdc27 reveals a homo-dimeric tetratricopeptide repeat architecture
著者: Zhang, Z. / Roe, S.M. / Diogon, M. / Kong, E. / El Alaoui, H. / Barford, D.

履歴

登録	2009年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kae.cif.gz	370.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kae.ent.gz	306.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kae_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kae_full_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示
XML形式データ	3kae_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	3kae_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/3kae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/3kae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zks-d 4fq2-d 2xhn-1 2rc3-d 5m63-1 1nkg-d 4qj2-d 5yy5-1 6nut-d 4bfb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Possible protein of nuclear scaffold

B: Possible protein of nuclear scaffold

C: Possible protein of nuclear scaffold

D: Possible protein of nuclear scaffold

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Possible protein of nuclear scaffold

C: Possible protein of nuclear scaffold

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Possible protein of nuclear scaffold

D: Possible protein of nuclear scaffold

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.720, 81.890, 87.445
Angle α, β, γ (deg.)	101.430, 90.070, 89.990
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain 'A' and (resseq 3:29 or resseq 36:162 or resseq 175:241 )	A
2	1	1	chain 'B' and (resseq 3:29 or resseq 36:162 or resseq 175:241 )	B
3	1	1	chain 'C' and (resseq 3:29 or resseq 36:162 or resseq 175:241 )	C
4	1	1	chain 'D' and (resseq 3:29 or resseq 36:162 or resseq 175:241 )	D

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.986601, 0.08205, -0.141016), (-0.083189, 0.996531, -0.002194), (0.140347, 0.013895, 0.990005)	19.325199, -31.714001, -44.135601
2	given	(0.986474, -0.08164, 0.142141), (-0.08276, -0.996567, 0.00198), (0.141492, -0.013717, -0.989844)	2.11575, -30.7008, -46.2183
3	given	(0.999998, -0.000204, 0.002149), (-0.000205, -1, 0.000183), (0.002149, -0.000184, -0.999998)	17.372299, -0.434139, 0.377239

#1: タンパク質	Possible protein of nuclear scaffold / Cdc27 分子量: 28222.584 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain, residues 1-242 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 遺伝子: NC_003237 / プラスミド: pOPINS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SQV4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.02 % / Mosaicity: 0.52 °

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→85.709 Å / Num. obs: 40000 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.8 % / R_sym value: 0.049

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.298→53.533 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.729 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	2008	5.04 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.219	39813	94.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.203 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 231.53 Å² / B_iso mean: 70.241 Å² / B_iso min: 25.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.925 Å²	1.028 Å²	-2.368 Å²
2-	-	-16.329 Å²	-2.479 Å²
3-	-	-	5.404 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→53.533 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7111	0	24	118	7253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7291
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	9836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.969	2600

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1688	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	2	B	1688	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	3	C	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	4	D	1717	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.298-2.381	0.327	192	0.297	3583	3775	91
2.381-2.476	0.329	216	0.273	3830	4046	95
2.476-2.589	0.311	184	0.244	3722	3906	95
2.589-2.725	0.304	194	0.237	3818	4012	94
2.725-2.896	0.291	223	0.233	3801	4024	95
2.896-3.119	0.315	189	0.225	3759	3948	94
3.119-3.433	0.282	193	0.212	3809	4002	95
3.433-3.93	0.208	191	0.187	3823	4014	96
3.93-4.95	0.242	206	0.192	3854	4060	96
4.95-53.547	0.224	220	0.197	3806	4026	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6161	0.588	-0.7595	2.1838	-0.166	1.2362	-0.0597	0.1416	0.4601	-0.7747	0.1253	-0.0387	-0.4225	-0.0408	-0.0506	0.5534	0.0104	-0.0423	0.2673	0.0417	0.3583	26.9073	-6.1192	-28.4702
2	1.6891	0.5344	0.181	2.5129	-1.5328	1.9109	-0.1892	0.1436	0.2331	-0.6386	0.0917	0.1685	-0.0153	-0.0441	0.1025	0.4432	0.0112	0.0085	0.2417	0.0116	0.2875	7.348	26.2333	14.4307
3	1.4414	-0.3221	-0.0015	2.8044	-1.8225	2.1167	-0.1347	-0.1371	-0.2246	0.5253	0.0765	0.0874	0.0178	-0.0446	0.07	0.4278	-0.0085	0.0134	0.2982	0.003	0.3165	24.6527	-26.9051	-14.1069
4	1.4847	-0.4514	0.9969	2.1976	-0.2079	1.1173	-0.045	-0.2017	-0.44	0.7973	0.1544	-0.1107	0.4044	-0.0017	-0.0897	0.578	0.0016	0.0738	0.2959	0.0275	0.3744	9.3763	5.8476	28.8973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A	A	3 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B	B	4 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C	C	4 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D	D	3 - 242

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