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- PDB-3ka3: Frog M-ferritin with magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ka3
タイトルFrog M-ferritin with magnesium
要素Ferritin, middle subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / IRON STORAGE / DIIRON / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, middle subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rana catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tosha, T. / Ng, H.L. / Theil, E. / Alber, T. / Bhattasali, O.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Moving Metal Ions through Ferritin-Protein Nanocages from Three-Fold Pores to Catalytic Sites.
著者: Tosha, T. / Ng, H.L. / Bhattasali, O. / Alber, T. / Theil, E.C.
履歴
登録2009年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,11418
ポリマ－20,6231
非ポリマー49117
水5,260292
1
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)506,746432
ポリマ－494,95624
非ポリマー11,789408
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_557-x,y,-z+21
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
crystal symmetry operation5_465z-1,x+1,y1
crystal symmetry operation6_467z-1,-x+1,-y+21
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_667-z+1,x+1,-y+21
crystal symmetry operation9_456y-1,z,x+11
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_476y-1,-z+2,-x+11
crystal symmetry operation12_676-y+1,-z+2,x+11
crystal symmetry operation13_467y-1,x+1,-z+21
crystal symmetry operation14_667-y+1,-x+1,-z+21
crystal symmetry operation15_465y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation17_557x,z,-y+21
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_577-x,-z+2,-y+21
crystal symmetry operation20_575x,-z+2,y1
crystal symmetry operation21_456z-1,y,-x+11
crystal symmetry operation22_476z-1,-y+2,x+11
crystal symmetry operation23_656-z+1,y,x+11
crystal symmetry operation24_676-z+1,-y+2,-x+11
Buried area94400 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area136630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.886, 183.886, 183.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-179-

MG

21A-186-

MG

31A-188-

CL

41A-189-

CL

51A-190-

MG

61A-337-

HOH

71A-363-

HOH

詳細Biological unit is a 24-mer generated by F432 symmetry

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要素

#1: タンパク質 Ferritin, middle subunit / Ferritin M / Ferritin H' / Ferritin X


分子量: 20623.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07798, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2M MgCl2, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
詳細: Mirror 1: plane parabola Pt and Rh-coated Invar steel. Mirror 2: torroid Pt and Rh-coated Si
放射モノクロメーター: KOHZU: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 52741 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value
1.4-1.4813.70.9690.810358175660.969
1.48-1.5713.80.5721.39860671550.572
1.57-1.6713.80.37929316867390.379
1.67-1.8113.80.2552.98726663130.255
1.81-1.9813.80.1584.78046558320.158
1.98-2.2113.70.0977.47253452870.097
2.21-2.5613.50.088.56360647250.08
2.56-3.1312.70.05412.75104140340.054
3.13-4.4313.50.039134306431860.039
4.43-5012.40.03810.72361819040.038

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC5.4.0077精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.374 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 2689 5.1 %RANDOM
Rwork0.136 ---
obs0.137 52741 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.09 Å2 / Biso mean: 16.983 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 17 292 1738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0211610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1411.9532201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.72432779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7545214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19224.78794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29215319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.941511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2431.5937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9641.5375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.02621529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3753673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6134.5648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.732739
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.2823309
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.7432684
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 210 -
Rwork0.398 3605 -
all-3815 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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