+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k9y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of rat mitochondrial P450 24A1 S57D in complex with CYMAL-5 | ||||||
![]() | 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MITOCHONDRIAL CYTOCHROME P450 / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / MONOOXYGENASE / VITAMIN D HORMONE METABOLISM / ADRENODOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() vitamin D3 24-hydroxylase / 25-hydroxycholecalciferol-24-hydroxylase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 24-hydroxylase activity / 25-hydroxycholecalciferol-23-hydroxylase activity / vitamin D 25-hydroxylase activity / Vitamins / Vitamin D (calciferol) metabolism / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...vitamin D3 24-hydroxylase / 25-hydroxycholecalciferol-24-hydroxylase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 24-hydroxylase activity / 25-hydroxycholecalciferol-23-hydroxylase activity / vitamin D 25-hydroxylase activity / Vitamins / Vitamin D (calciferol) metabolism / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / vitamin D metabolic process / cellular response to vitamin D / response to vitamin D / osteoblast differentiation / iron ion binding / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Annalora, A.J. / Goodin, D.B. / Hong, W. / Zhang, Q. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CYP24A1, a mitochondrial cytochrome P450 involved in vitamin D metabolism. 著者: Annalora, A.J. / Goodin, D.B. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 150.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55933.773 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 34-514 / 変異: S57D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q09128, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q09128, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.2M potassium thiocyanate, 0.05M CaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→91.67 Å / Num. all: 32727 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 67.645 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1768 / Rsym value: 1.642 / % possible all: 70.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1TQN 解像度: 2.8→50 Å
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.151 Å2
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|