[日本語] English
万見
- PDB-3k9v: Crystal structure of rat mitochondrial P450 24A1 S57D in complex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9v
タイトルCrystal structure of rat mitochondrial P450 24A1 S57D in complex with CHAPS
要素1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / MITOCHONDRIAL CYTOCHROME P450 / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / MONOOXYGENASE / VITAMIN D HORMONE METABOLISM / ADRENODOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D3 24-hydroxylase / 25-hydroxycholecalciferol-24-hydroxylase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 24-hydroxylase activity / 25-hydroxycholecalciferol-23-hydroxylase activity / Vitamins / Vitamin D (calciferol) metabolism / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...vitamin D3 24-hydroxylase / 25-hydroxycholecalciferol-24-hydroxylase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 24-hydroxylase activity / 25-hydroxycholecalciferol-23-hydroxylase activity / Vitamins / Vitamin D (calciferol) metabolism / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / vitamin D metabolic process / cellular response to vitamin D / response to vitamin D / osteoblast differentiation / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, CYP24A, mitochondrial / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Annalora, A.J. / Goodin, D.B. / Hong, W. / Zhang, Q. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of CYP24A1, a mitochondrial cytochrome P450 involved in vitamin D metabolism.
著者: Annalora, A.J. / Goodin, D.B. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
B: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,79010
ポリマ－111,8682
非ポリマー4,9228
水4,774265
1
A: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3955
ポリマ－55,9341
非ポリマー2,4614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3955
ポリマ－55,9341
非ポリマー2,4614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,79010
ポリマ－111,8682
非ポリマー4,9228
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1510 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area41890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.609, 81.647, 108.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

-
要素

#1: タンパク質 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial / Vitamin D(3) 24-hydroxylase / 24-OHase / Cytochrome P450 24A1 / P450-CC24


分子量: 55933.773 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 34-514 / 変異: S57D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cyp24, Cyp24a1 / プラスミド: pTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha-FIQ
参照: UniProt: Q09128, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q09128, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.2 M potassium thiocyanate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→91.29 Å / Num. obs: 58240 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
PHASER位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TQN

1tqn


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.334 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25154 2287 5 %RANDOM
Rwork0.20636 ---
obs0.20866 43128 97.44 %-
all-58240 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.342 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å21.41 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7594 0 298 265 8157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0219024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.98113848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0027.51852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7123.722360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.209151460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8021560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6081.54652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18227546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51933446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6274.53472
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1856tight positional0.330.05
B1984loose positional0.775
A1856tight thermal4.150.5
B1984loose thermal4.0510
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 141 -
Rwork0.22 2617 -
obs--80.71 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る