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- PDB-3k9a: Crystal Structure of HIV gp41 with MPER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9a
タイトルCrystal Structure of HIV gp41 with MPER
要素HIV glycoprotein gp41
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / gp41 / membrane proximal external region / MPER
機能・相同性Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, Br SAD / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shi, W. / Han, D. / Habte, H. / Cho, M. / Chance, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of HIV gp41 with the membrane-proximal external region
著者: Shi, W. / Bohon, J. / Han, D.P. / Habte, H. / Qin, Y. / Cho, M.W. / Chance, M.R.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7221
ポリマ－12,7221
非ポリマー00
水34219
1
A: HIV glycoprotein gp41

A: HIV glycoprotein gp41

A: HIV glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1663
ポリマ－38,1663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.588, 50.588, 155.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 HIV glycoprotein gp41


分子量: 12722.096 Da / 分子数: 1 / 断片: gp41 fusion protein / 変異: HR1+4XGly+HR2+MPER / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: MCON6 / 遺伝子: gp41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS A FUSION PROTEIN WITH A LINKER GGGGS IN THE MIDDLE AND SIX-RESIDUES HIS TAGS AT THE C-TERMINUS END

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 45% MPD, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月28日 / 詳細: monochromator and mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 7537 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 30 % / Biso Wilson estimate: 40.71 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 55.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 29.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 355 / Rsym value: 0.713 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, Br SAD
開始モデル: PDB entry 1AIK

1aik


解像度: 2.1→42.2 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 563 -Random
Rwork0.2451 ---
obs0.2454 7497 99.7 %-
all-7518 --
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3604 Å20 Å20 Å2
2---1.3604 Å20 Å2
3---2.7208 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 0 19 661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfond0.003
X-RAY DIFFRACTIONfngle0.594
X-RAY DIFFRACTIONfihedral15.778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.310.29191330.2199X-RAY DIFFRACTION1810100
2.31-2.640.27691310.1996X-RAY DIFFRACTION1816100
2.64-3.330.23351370.2101X-RAY DIFFRACTION1856100
3.33-42.20.24061620.2732X-RAY DIFFRACTION201599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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