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- PDB-3k96: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of glycerol-3-phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k96
タイトル2.1 Angstrom resolution crystal structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase (gpsA) from Coxiella burnetii
要素Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
キーワードOXIDOREDUCTASE / glycerol-3-phosphate dehydrogenase / gpsA / idp01976 / NAD / Phospholipid biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerophospholipid biosynthetic process / glycerol-3-phosphate metabolic process / NAD binding / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of Glycerol-3-phosphate Dehydrogenase (gpsA) from Coxiella burnetii.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
B: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2655
ポリマ－77,7112
非ポリマー5553
水8,665481
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-11.6 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.272, 88.452, 97.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38855.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: CBU_1518, gpsA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q83BJ0, glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 7.6 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, 5mM BME, 0.01M Tris-HCl pH 8.3. Screen solution: PEG's II, drop G10, 0.1M Lithium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 6000, VAPOR ...詳細: Protein solution: 7.6 mg/mL, 0.5M Sodium chloride, 5mM BME, 0.01M Tris-HCl pH 8.3. Screen solution: PEG's II, drop G10, 0.1M Lithium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 44246 / Num. obs: 44246 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.02
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2190 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z82

1z82


解像度: 2.1→29.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 9.744 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21037 2197 5 %RANDOM
Rwork0.16422 ---
all0.16654 41380 --
obs0.16654 41380 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.017 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2--2.76 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4970 0 34 481 5485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.977249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86738843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5995700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66324.416231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.01515931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.741537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0231.53374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2771.51392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83425439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89131956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7064.51810
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 168 -
Rwork0.198 3027 -
obs-3027 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67340.1055-0.01930.5909-0.21321.1529-0.01010.0077-0.0539-0.03870.02620.02280.1201-0.0872-0.01610.0236-0.0108-0.00990.0070.00230.012261.833728.158712.7744
20.179-0.09040.03150.3108-0.11850.1909-0.006-0.02140.01070.00640.0121-0.0138-0.0031-0.0066-0.00620.00170.0007-0.00120.0026-0.00110.002264.49249.34520.6982
30.87930.02110.02210.3626-0.17670.58050.01690.03570.0973-0.0215-0.00120.0109-0.082-0.015-0.01570.01930.0040.00440.00210.00480.016276.814387.5589-1.7987
40.28340.16860.0960.4251-0.00090.2271-0.0047-0.01770.03830.0026-0.0069-0.0024-0.02240.00680.01170.0033-0.0013-0.00030.0022-0.00310.007379.145973.73848.7981
50.34750.09350.08840.47280.15790.70260.00170.0179-0.00880.00790.0052-0.01880.03280.0581-0.00680.00160.0026-0.00020.0054-0.00040.001583.428859.66720.728
630.309-17.853639.983210.5197-23.552752.7454-0.195-0.32550.04870.1050.1509-0.0328-0.2289-0.42630.04420.0226-0.01780.00280.13710.02360.029378.850891.0833-15.2737
79.3763-5.0005-5.53123.91782.57013.3782-0.08680.1406-0.06770.11420.04250.02710.032-0.11820.04430.01170.00060.00050.0275-0.01190.015873.905897.5975-7.2153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4B103 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5B218 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6B401
7X-RAY DIFFRACTION7B402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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