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万見
- PDB-3k94: Crystal Structure of Thiamin pyrophosphokinase from Geobacillus t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k94
タイトルCrystal Structure of Thiamin pyrophosphokinase from Geobacillus thermodenitrificans, Northeast Structural Genomics Consortium Target GtR2
要素Thiamin pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / GtR2 / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphokinase / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain superfamily / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily ...: / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain superfamily / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine diphosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target GtR2
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Patel, D.J. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamin pyrophosphokinase
B: Thiamin pyrophosphokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9702
ポリマ－50,9702
非ポリマー00
水4,504250
1
A: Thiamin pyrophosphokinase

B: Thiamin pyrophosphokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9702
ポリマ－50,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.422, 73.652, 82.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Author provided the following information on possible biological assembly: dimer,55.92 kD, 87.2%; heptamer, 129.5 kD, 8.2%

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要素

#1: タンパク質 Thiamin pyrophosphokinase


分子量: 25484.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア)
株: NG80-2 / 遺伝子: GTNG_1032 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: A4IM54
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細At least two cysteine, residues 26 and 185 of chain A and B, have some electron density beyond the ...At least two cysteine, residues 26 and 185 of chain A and B, have some electron density beyond the oxygen atom in the side chain.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.2
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M Na-citrate, 0.1M (NH4)2HPO4, 20% PEG 4000, microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月3日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 46746 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.101→26.353 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1264 5.08 %
Rwork0.1769 --
obs0.1802 24867 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.681 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.767 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→26.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 0 250 3642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0774709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4071271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1011-2.18520.2721410.19222521X-RAY DIFFRACTION98
2.1852-2.28450.27181270.1832613X-RAY DIFFRACTION100
2.2845-2.40490.26891460.17542561X-RAY DIFFRACTION100
2.4049-2.55550.23721390.17912618X-RAY DIFFRACTION100
2.5555-2.75260.28191300.18152620X-RAY DIFFRACTION100
2.7526-3.02920.2691670.18452581X-RAY DIFFRACTION100
3.0292-3.46670.23571350.18172657X-RAY DIFFRACTION100
3.4667-4.36450.21821400.15132666X-RAY DIFFRACTION100
4.3645-26.35550.20811390.1682766X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.6719 Å / Origin y: 36.3177 Å / Origin z: 35.969 Å
111213212223313233
T0.1783 Å2-0.0061 Å2-0.0044 Å2-0.141 Å20.0153 Å2--0.1437 Å2
L0.4817 °20.0857 °20.0011 °2-0.0751 °20.0024 °2--0.0847 °2
S-0.0258 Å °0.0371 Å °0.0745 Å °0.0071 Å °0.0124 Å °0.0105 Å °-0.024 Å °0.0037 Å °0.0123 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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