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万見
- PDB-3k8u: Crystal Structure of the Peptidase Domain of Streptococcus ComA, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8u
タイトルCrystal Structure of the Peptidase Domain of Streptococcus ComA, a Bi-functional ABC Transporter Involved in Quorum Sensing Pathway
要素Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA
キーワードHYDROLASE / ABC Transporter / ComA / Cysteine Protease / Quorum-sensing / Streptococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species submerged biofilm formation / ABC-type bacteriocin transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter, ATP-binding protein ComA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ishii, S. / Yano, T. / Ebihara, A. / Okamoto, A. / Manzoku, M. / Hayashi, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the peptidase domain of Streptococcus ComA, a bifunctional ATP-binding cassette transporter involved in the quorum-sensing pathway
著者: Ishii, S. / Yano, T. / Ebihara, A. / Okamoto, A. / Manzoku, M. / Hayashi, H.
履歴
登録2009年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9931
ポリマ－17,9931
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.610, 58.610, 112.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-237-

HOH

21A-240-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA


分子量: 17992.570 Da / 分子数: 1 / 断片: peptidase domain, residues 45-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8DW05
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16% polyethylene glycol 3350, 0.16M di-ammonium hydrogen citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B210.9789, 0.9000, 0.9795
シンクロトロンSPring-8 BL26B221
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2007年10月6日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年11月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI Double-CrystalMADMx-ray1
2SI Double-CrystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.91
30.97951
411
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 16136 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 45
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1517854.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1614 10.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 16053 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.2418 Å2 / ksol: 0.370146 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.39 Å20 Å20 Å2
2--2.39 Å20 Å2
3----4.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1091 0 0 95 1186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.562.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 259 10 %
Rwork0.23 2340 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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