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- PDB-3k8t: Structure of eukaryotic rnr large subunit R1 complexed with desig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8t
タイトルStructure of eukaryotic rnr large subunit R1 complexed with designed adp analog compound
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / EUKARYOTIC RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / NUCLEOTIDE ANALOGS / ALLOSTERIC ENZYME ATP-BINDING / DNA REPLICATION / NUCLEOTIDE-BINDING OXIDOREDUCTASE / PHOSPHOPROTEIN / Allosteric enzyme / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleotide binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2A5 / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sun, D. / Xu, H. / Dealwis, C. / Lee, R.E.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2009
タイトル: Structure-Based Design, Synthesis, and Evaluation of 2'-(2-Hydroxyethyl)-2'-deoxyadenosine and the 5'-Diphosphate Derivative as Ribonucleotide Reductase Inhibitors
著者: Sun, D. / Xu, H. / Wijerathna, S.R. / Dealwis, C. / Lee, R.E.
履歴
登録2009年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7525
ポリマ－99,6731
非ポリマー1,0794
水2,432135
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
ヘテロ分子

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,50410
ポリマ－199,3462
非ポリマー2,1588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area45520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.528, 116.915, 64.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase large chain 1 / Ribonucleotide reductase large subunit 1 / Ribonucleotide reductase R1 subunit 1


分子量: 99672.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRT7, RIR1, RNR1, SDS12, YER070W / プラスミド: PWJ751-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21524, ribonucleoside-diphosphate reductase

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非ポリマー , 5種, 139分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#4: 化合物 ChemComp-2A5 / 2'-deoxy-2'-(2-hydroxyethyl)adenosine 5'-(trihydrogen diphosphate)


分子量: 455.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N5O10P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100MM HEPES, PH7.5, 20-25% PEG 3350, 0.2M NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 14-BM-C10.9002
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.0332
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年12月12日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2007年3月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.90021
21.03321
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 47632 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0007精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CVX

2cvx


解像度: 2.1→38.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 12.019 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 2409 5.1 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.254 45193 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å20 Å20 Å2
2---1.51 Å20 Å2
3---3.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 67 135 5322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.9577195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.939310999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg75636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82924.057244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.78615912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2051531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.25124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.22614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.23114
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2720.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0741.54092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2171.51294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28825143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03432533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7994.52052
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 179 -
Rwork0.266 3187 -
obs--96.01 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1763 Å / Origin y: 45.3266 Å / Origin z: 18.2086 Å
111213212223313233
T-0.0653 Å20.0183 Å20.0086 Å2--0.033 Å2-0.0124 Å2---0.1529 Å2
L1.4856 °20.062 °20.2416 °2-1.0141 °20.1338 °2--0.6629 °2
S-0.0343 Å °0.2725 Å °0.0967 Å °-0.1265 Å °0.0575 Å °-0.243 Å °-0.0742 Å °0.1876 Å °-0.0232 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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