PDB-3k8e: Crystal structure of E. coli lipopolysaccharide specific CMP-KDO ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k8e

タイトル

Crystal structure of E. coli lipopolysaccharide specific CMP-KDO synthetase

要素

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / KdsB synthetase deoxy kdo complex / Lipopolysaccharide biosynthesis / Magnesium / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Heyes, D.J. / Levy, C.W. / Lafite, P. / Scrutton, N.S. / Leys, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-based mechanism of CMP-2-keto-3-deoxymanno-octulonic acid synthetase: convergent evolution of a sugar-activating enzyme with DNA/RNA polymerases
著者: Heyes, D.J. / Levy, C. / Lafite, P. / Roberts, I.S. / Goldrick, M. / Stachulski, A.V. / Rossington, S.B. / Stanford, D. / Rigby, S.E.J. / Scrutton, N.S. / Leys, D.

履歴

登録	2009年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k8e.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k8e.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k8dC 1vh1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vic-d 1h6j-d 6rnk-d 6c1q-d 3oam-1 6smt-3 6eoh-d 5g6s-4 3oam-2 5g6s-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

D: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

D: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

B: 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.470, 77.180, 143.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / CMP-KDO synthetase / CMP-2-keto-3-deoxyoctulosonic acid synthetase / CKS 分子量: 29456.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 参照: UniProt: P04951, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100mM sodium acetate, pH4.6, 250mM sodium sulfate, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47 Å / Num. all: 46074 / Num. obs: 46074 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.51→2.57 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 4.97 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VH1

1vh1

解像度: 2.51→47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 17.399 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23397	2360	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19871	-	-	-
obs	0.20055	43817	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.485 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.64 Å²	0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7515	0	0	142	7657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.948	10427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	12417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.112	5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.787	23.288	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.892	15	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.59	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	5189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.123	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.243	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.528	1.5	4963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.097	1.5	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.872	2	7766
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.412	3	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.2	4.5	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.505→2.57 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	164	-
R_work	0.275	3132	-
obs	-	-	95.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7547	0.3591	-1.5391	2.4533	1.4896	4.6767	0.0586	-0.2756	0.642	-0.3112	-0.0293	0.2542	-0.3408	0.0765	-0.0293	-0.1048	-0.0468	-0.057	-0.0081	-0.0326	-0.1642	22.6942	-54.8653	84.3687
2	4.969	-0.564	1.6314	3.741	-0.4875	6.2824	0.02	-0.219	0.0518	0.0857	-0.0867	0.1698	-0.3265	0.0463	0.0668	-0.1224	-0.0325	0.0301	-0.2068	-0.0716	-0.2279	18.4616	-60.8231	63.5821
3	6.1466	-3.3189	-5.5241	9.7749	6.9864	7.0053	-0.0655	0.3694	-0.0145	-0.459	0.0765	0.3728	0.1431	-0.3365	-0.011	-0.1927	-0.093	-0.019	0.1557	0.0069	0.0234	5.5727	-59.3855	83.518
4	2.9999	-0.237	1.6593	4.753	-0.2007	8.2575	0.0346	0.1287	-0.0222	-0.1212	0.0428	0.6086	-0.5621	-0.058	-0.0774	-0.1386	-0.0493	0.0394	-0.1592	0.049	-0.1885	19.8344	-68.834	26.0744
5	2.8135	-0.9369	-1.3715	5.4987	1.3545	4.6527	0.0499	0.229	0.0807	-0.3466	-0.1012	0.3264	-0.7108	0.0213	0.0514	-0.0603	-0.0722	-0.0777	-0.1888	0.0058	-0.2225	18.131	-61.4931	46.9015
6	0.7607	0.7606	2.5141	4.9236	3.7824	8.6958	-0.617	-0.9833	0.6853	0.0342	0.2611	1.5369	-1.3374	-0.6326	0.3558	0.5427	0.3724	-0.1392	0.2252	0.0769	0.5549	7.2756	-56.15	26.3474
7	3.6414	-0.0647	-2.242	4.7719	-0.2074	8.3383	-0.0073	-0.0797	-0.0529	0.1265	0.0396	0.5635	0.6098	-0.0846	-0.0322	-0.1067	0.0536	-0.0448	-0.1563	0.0423	-0.2082	19.9908	-21.3224	45.7862
8	2.5331	0.8894	1.3676	5.4644	1.0911	4.9502	0.0414	-0.1759	-0.0772	0.3034	-0.1299	0.3343	0.7185	0.0302	0.0886	-0.0846	0.0731	0.0832	-0.1824	0.006	-0.2117	17.8702	-28.8337	24.7756
9	0.2724	1.7361	0.7165	11.1649	4.1606	3.4939	-0.5475	0.9744	0.2403	-0.6529	0.5322	1.8809	1.2367	-0.4609	0.0152	0.5091	-0.3084	0.064	0.3162	0.1087	0.4858	6.9458	-33.3871	44.8124
10	6.18	-0.376	1.649	2.8539	1.2356	4.2595	0.0549	0.2869	-0.5832	0.1812	-0.0411	0.2529	0.2592	0.0245	-0.0138	-0.1093	0.0558	0.0597	-0.0186	-0.0093	-0.2038	22.4835	-34.5411	-12.9001
11	4.0293	0.3306	-0.9922	3.9095	0.1101	5.9659	-0.0002	0.1928	-0.0735	-0.0922	-0.0227	0.1123	0.293	0.1433	0.0229	-0.1294	0.0326	-0.0182	-0.1972	-0.0559	-0.2327	18.8344	-29.4258	7.9413
12	6.9524	2.6746	5.0892	7.5083	1.5199	5.7857	-0.1297	-0.6071	0.1109	-0.2479	-0.125	0.1361	-0.3565	-0.684	0.2547	-0.2041	0.1194	0.0167	0.1955	-0.0037	0.0463	5.7111	-30.4095	-12.0487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	228 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	118 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	228 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	118 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	228 - 245
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 117
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	118 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	228 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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