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- PDB-3k81: Structure of the central interaction protein from the Trypanosoma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k81
タイトルStructure of the central interaction protein from the Trypanosoma brucei editosome in complex with single domain antibodies
要素
  • MP18 RNA editing complex protein
  • Single strand antibody VHH domain
キーワードImmune System / RNA Binding Protein / KREPA6 / VHH / Single domain antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / kinetoplast / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA editing complex, subunit MP18 / Single-strand binding protein family / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MP18 RNA editing complex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Park, Y.-J. / Hol, W.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structures of a key interaction protein from the Trypanosoma brucei editosome in complex with single domain antibodies.
著者: Wu, M. / Park, Y.J. / Pardon, E. / Turley, S. / Hayhurst, A. / Deng, J. / Steyaert, J. / Hol, W.G.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: MP18 RNA editing complex protein
D: MP18 RNA editing complex protein
A: Single strand antibody VHH domain
B: Single strand antibody VHH domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1624
ポリマ－64,1624
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.030, 68.605, 93.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MP18 RNA editing complex protein


分子量: 18113.566 Da / 分子数: 2 / 断片: KREPA6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: KREPA6, Tb10.70.2090 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q38B90
#2: 抗体 Single strand antibody VHH domain


分子量: 13967.477 Da / 分子数: 2 / 断片: single domain antibody VHH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 15% PEG3350, 0.1M Citrate pH.4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日
詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 6402 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 64.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 423 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 61.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K7U

3k7u


解像度: 3.4→33.467 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3198 301 4.73 %
Rwork0.2668 --
obs0.2693 6363 91.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 114.052 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→33.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3250 0 0 0 3250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5444507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0251110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-4.28230.33871360.27472739X-RAY DIFFRACTION84
4.2823-33.46890.31061650.26273323X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.3208 Å / Origin y: 11.4461 Å / Origin z: -23.0129 Å
111213212223313233
T0.2762 Å20.0303 Å20.0143 Å2-0.0517 Å2-0.0428 Å2--0.1592 Å2
L1.1267 °2-0.5763 °2-0.0968 °2-0.6707 °2-1.2693 °2--1.9416 °2
S0.0604 Å °-0.143 Å °-0.1315 Å °-0.3351 Å °-0.0853 Å °0.0896 Å °0.0288 Å °0.1355 Å °-0.0547 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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