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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k79 | ||||||
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タイトル | C38A, C52V Cysteine-Free Variant of Rop (Rom) | ||||||
要素 | Regulatory protein rop | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / hairpin / four-helix bundle / cysteine-free / Plasmid / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Hari, S.B. / Magliery, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010 タイトル: Cysteine-free Rop: a four-helix bundle core mutant has wild-type stability and structure but dramatically different unfolding kinetics. 著者: Hari, S.B. / Byeon, C. / Lavinder, J.J. / Magliery, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k79.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k79.ent.gz | 33 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k79_validation.pdf.gz | 407.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k79_full_validation.pdf.gz | 407.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k79_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k79_validation.cif.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k79 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ropS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7126.818 Da / 分子数: 1 / 変異: C38A, C52V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rop / プラスミド: pMR101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03051 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25-30% methanol, 100 mM MES, 300 mM NaCl, 10% glycerol, pH 5.7-5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K PH範囲: 5.7-5.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→29.63 Å / Num. obs: 2675 / % possible obs: 66.1 % / 冗長度: 7.26 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 47.4 / Scaling rejects: 147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 39.53 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ROP 解像度: 1.96→29.63 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.768 / SU ML: 0.31 / σ(F): 2.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.655 Å2 / ksol: 0.459 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.5 Å2 / Biso mean: 26.236 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→29.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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