PDB-3k69: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (LP_036...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k69

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR (LP_0360) FROM LACTOBACILLUS PLANTARUM AT 1.95 A RESOLUTION

要素

Putative transcription regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative transcriptional regulator (NP_784167.1) from LACTOBACILLUS PLANTARUM at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k69.cif.gz	45.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k69.ent.gz	33.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k69_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k69_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	3k69_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	3k69_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ul8-d 5mfm-2 6mtk-d 3v2b-2 6zm3-1 5jbr-d 5mfm-6 6k8e-d 3ul7-d 3s0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 396747

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcription regulator

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative transcription regulator

ヘテロ分子

A: Putative transcription regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.173, 38.054, 42.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.730, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative transcription regulator 分子量: 18205.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: lp_0360 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q88ZG1
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-161) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-161) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2000M Na2HPO4, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 4.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97959,0.97886

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97959	1
3	0.97886	1

反射

解像度: 1.95→28.307 Å / Num. obs: 12340 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.604 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.95-2	2.8	0.691	1	2023	729	0.691	80.2
2-2.06	3	0.483	1.5	2412	799	0.483	91
2.06-2.12	3.5	0.373	1.9	3101	894	0.373	98.8
2.12-2.18	3.7	0.339	2.1	3085	831	0.339	100
2.18-2.25	3.7	0.269	2.6	3054	833	0.269	100
2.25-2.33	3.7	0.247	3	2994	807	0.247	100
2.33-2.42	3.7	0.209	3.4	2829	771	0.209	100
2.42-2.52	3.7	0.173	4.2	2736	743	0.173	100
2.52-2.63	3.7	0.151	4.8	2628	711	0.151	100
2.63-2.76	3.7	0.128	5.5	2516	682	0.128	100
2.76-2.91	3.7	0.1	6.8	2459	668	0.1	100
2.91-3.08	3.7	0.082	9	2232	605	0.082	100
3.08-3.3	3.7	0.064	10.9	2129	579	0.064	100
3.3-3.56	3.7	0.054	12.5	2054	560	0.054	100
3.56-3.9	3.7	0.051	12.7	1783	488	0.051	100
3.9-4.36	3.7	0.047	13.2	1711	465	0.047	100
4.36-5.03	3.6	0.042	15.7	1461	401	0.042	100
5.03-6.17	3.6	0.054	12.4	1245	347	0.054	100
6.17-8.72	3.5	0.042	15.5	954	273	0.042	100
8.72-28.31	3.3	0.031	20.3	508	154	0.031	98

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→28.307 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 6.888 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.148
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	599	4.9 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	12306	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.31 Å² / B_iso mean: 25.623 Å² / B_iso min: 10.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.43 Å²	0 Å²	-0.93 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1170	0	8	158	1336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.951	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.998	3	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.439	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.856	24.545	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.868	15	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.786	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.286	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.27	3	841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.534	3	307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.223	5	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.012	8	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.078	11	429

LS精密化シェル

解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	28	-
R_work	0.241	673	-
all	-	701	-
obs	-	-	76.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.3003 Å / Origin y: 4.2814 Å / Origin z: 7.1462 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0301 Å²	0.012 Å²	0.0109 Å²	-	-0.0729 Å²	-0.0126 Å²	-	-	-0.0253 Å²
L	2.0898 °²	0.3081 °²	0.9702 °²	-	0.1709 °²	0.0291 °²	-	-	1.0963 °²
S	-0.0095 Å °	-0.0798 Å °	0.1936 Å °	-0.0013 Å °	-0.0153 Å °	0.0118 Å °	-0.0274 Å °	-0.0021 Å °	0.0248 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)