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- PDB-3k5b: Crystal structure of the peripheral stalk of Thermus thermophilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5b
タイトルCrystal structure of the peripheral stalk of Thermus thermophilus H+-ATPase/synthase
要素
  • V-type ATP synthase subunit E
  • V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
キーワードHYDROLASE / right handed coiled coil / vacuolar ATPase/synthase / V-Type ATPase/synthase / A-Type ATPase/synthase / peripheral stator / peripheral stalk / ATP synthesis / Hydrogen ion transport / Ion transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2950 / F1F0 ATP synthase subunit B, membrane domain / ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2950 / F1F0 ATP synthase subunit B, membrane domain / ATP synthase, E subunit, C-terminal / hypothetical protein PF0899 fold / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type ATP synthase subunit E / V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lee, L.K. / Stewart, A.G. / Donohoe, M. / Bernal, R.A. / Stock, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The structure of the peripheral stalk of Thermus thermophilus H(+)-ATPase/synthase.
著者: Lee, L.K. / Stewart, A.G. / Donohoe, M. / Bernal, R.A. / Stock, D.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
E: V-type ATP synthase subunit E
B: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
A: V-type ATP synthase subunit E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1114
ポリマ－65,1114
非ポリマー00
水00
1
B: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
A: V-type ATP synthase subunit E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5562
ポリマ－32,5562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
G: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
E: V-type ATP synthase subunit E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5562
ポリマ－32,5562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.781, 79.755, 75.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)


分子量: 11668.251 Da / 分子数: 2 / 断片: G-17: N-terminally truncated by 17 residues / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: 55981248, TTHA1279 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SIT5
#2: タンパク質 V-type ATP synthase subunit E / V-ATPase subunit E


分子量: 20887.271 Da / 分子数: 2 / Mutation: Emmm: L134M, L171M, L178M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: 55981245, atpE, TTHA1276, vatE / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P74901
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 40% MPD, 0.1 M Cacodylate pH 6.4, 5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.536
11L, -K, H20.464
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 20170 / Num. obs: 15485

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BioCARSデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 50.356 / SU ML: 0.397 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 823 5.3 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.235 15471 94.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.26 Å2 / Biso mean: 60.697 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.77 Å20 Å2-44.66 Å2
2---36.02 Å20 Å2
3---19.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4056 0 0 0 4056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214085
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.911.9815534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86336572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8425563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02523.554166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.93515649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3171547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.64222839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.08621136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12734380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58821246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.06131154
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 39 -
Rwork0.345 891 -
all-930 -
obs--77.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.19995.55243.88424.43243.14072.4763-0.41170.8524-0.0006-0.26310.5789-0.0503-0.14050.5564-0.16710.0806-0.0581-0.17760.23750.00060.594829.575416.834525.7736
21.02691.50142.18662.79884.12246.48280.08840.338-0.0630.23020.429-0.22680.38580.8537-0.51740.16580.0374-0.17960.2561-0.04070.41910.984616.75553.4359
38.40434.39734.20572.52082.22352.15750.3080.2268-0.09810.2426-0.1328-0.05930.19260.1069-0.17510.0567-0.0708-0.07570.2941-0.04050.296821.469510.732128.2564
40.6971.03542.04211.61473.13016.26380.01120.08910.01020.10940.05610.01270.24710.2851-0.06720.1691-0.022-0.08460.1843-0.01770.24857.887423.35612.2242
52.01890.0953-0.56471.77630.82120.63360.15710.31080.18020.2038-0.02530.17860.0487-0.2684-0.13180.19420.0376-0.03570.61010.13520.7799-45.8612-10.611211.1761
61.0598-0.196-0.93331.03370.3031.0224-0.4619-0.05280.04090.06410.3464-0.08510.2021-0.0880.11540.6220.0577-0.030.6658-0.01530.621415.991445.254781.9885
76.16410.0066-0.36330.05630.27672.4322-0.13-0.3384-0.45690.0347-0.01160.10730.0716-0.05940.14170.15110.0040.03160.097-0.03540.4866-22.6162-11.6416.8771
86.52041.6253-3.47731.24910.8885.54940.17050.26830.50710.014-0.04530.264-0.2957-0.3062-0.12520.4185-0.02410.02460.16730.03580.583213.023145.800357.6
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5E96 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6A96 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7E167 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8A167 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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