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- PDB-3k4x: Eukaryotic Sliding Clamp PCNA Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4x
タイトルEukaryotic Sliding Clamp PCNA Bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*G)-3')
  • Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA replication / DNA-binding / clamp loader / DNA sliding clamp / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 ...Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / PCNA complex / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / positive regulation of DNA repair / replication fork / positive regulation of DNA replication / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Proliferating cell nuclear antigen / Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者McNally, R. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Analysis of the role of PCNA-DNA contacts during clamp loading.
著者: McNally, R. / Bowman, G.D. / Goedken, E.R. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0713
ポリマ－96,0713
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area37200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.935, 93.712, 136.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 88764.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15873, UniProt: A6ZL36*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 2979.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 4325.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
配列の詳細CHAIN A CONSISTS OF THREE IDENTICAL SUBUNITS CONNECTED BY TWO LINKERS. THE MUTATIONS R110S, Y114S ...CHAIN A CONSISTS OF THREE IDENTICAL SUBUNITS CONNECTED BY TWO LINKERS. THE MUTATIONS R110S, Y114S OCCUR IN ONE SUBUNIT ONLY AS PER THE AUTHORS, IT WAS NOT POSSIBLE TO IDENTIFY THE ORDER OF THE SUBUNITS IN THE STRUCTURE BECAUSE THE ELECTRON DENSITY MAP DID NOT DISTINGUISH THE POSITIONS OF THE MUTATIONS AND BECAUSE THE LINKERS ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP. SINCE IT IS UNKNOWN WHICH SUBUNIT IN THE STRUCTURE CONTAINS THE MUTATIONS, THE RESIDUES AT THESE POSITIONS IN ALL THREE SUBUNITS WERE BUILT AS WILD-TYPE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM Na Acetate, 100 mM NaCl, 14% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. all: 22549 / Num. obs: 22002 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Χ2: 1.144 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.98→3.11 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1957 / Χ2: 0.942 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.4_162精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PLQ

1plq


解像度: 2.98→46.856 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1121 5.09 %Random
Rwork0.223 ---
obs0.226 22002 97.6 %-
all-22549 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.997 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 447.84 Å2 / Biso mean: 70.198 Å2 / Biso min: 5.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.156 Å20 Å20 Å2
2---3.034 Å2-0 Å2
3----3.122 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→46.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5947 407 0 0 6354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6678837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391043
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4982451
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.98-3.1230.3521300.2892285241587
3.123-3.2870.371420.2792579272199
3.287-3.4930.3161440.23926512795100
3.493-3.7630.3171380.21926242762100
3.763-4.1410.2491450.20626392784100
4.141-4.740.2451180.1622680279899
4.74-5.970.2181460.192671281799
5.97-46.8620.2571580.2352752291098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.2819 Å / Origin y: -24.052 Å / Origin z: 30.8908 Å
111213212223313233
T0.9755 Å20.2604 Å2-0.1703 Å2-1.6475 Å2-0.5156 Å2--3.053 Å2
L3.6385 °2-3.2993 °2-5.2494 °2-3.2259 °24.6547 °2--7.5059 °2
S1.168 Å °2.5458 Å °-3.2112 Å °1.5178 Å °-2.3541 Å °-1.5531 Å °0.6142 Å °-2.3518 Å °0.2287 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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