PDB-3k4b: Pyranose 2-oxidase T169S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4b

タイトル

Pyranose 2-oxidase T169S mutant

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / T169S MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Divne, C. / Tan, T.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: A conserved active-site threonine is important for both sugar and flavin oxidations of pyranose 2-oxidase.
著者: Pitsawong, W. / Sucharitakul, J. / Prongjit, M. / Tan, T.C. / Spadiut, O. / Haltrich, D. / Divne, C. / Chaiyen, P.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4b.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4b.ent.gz	105.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k4b_validation.pdf.gz	715.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k4b_full_validation.pdf.gz	725.5 KB	表示
XML形式データ	3k4b_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	3k4b_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k4cC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign 3bg6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4l-1 4mof-1 3k4c-d 3lsk-d 4mop-d 2ign-2 3k4n-1 4mog-1 2igk-2 3bg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

70.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.950, 101.950, 127.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69399.758 Da / 分子数: 1 / 変異: T169S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MGCL2, 10% (W/V)% MONOMETHYLETHER PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03908 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 53542 / Num. obs: 53542 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 7506 / R_sym value: 0.595 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IGO

2igo

解像度: 1.9→28.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 8.969 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27116	2702	5 %	RANDOM
R_work	0.20622	-	-	-
all	0.20941	50826	-	-
obs	0.20941	50826	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4517	0	53	390	4960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4689
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.919	1.96	6375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.802	3	9519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.313	5	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.895	24.464	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.625	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.215	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.966	1.5	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.33	1.5	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.524	2	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.569	3	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.736	4.5	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	432	-
R_work	0.236	7234	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9765	0.164	0.1422	1.2293	-0.1083	1.0441	0.0094	0.0981	0.0169	-0.0552	-0.0054	0.0065	-0.0322	-0.0506	-0.0041	0.0713	0.001	-0.0081	0.0656	-0.0002	0.0661	67.789	49.8806	21.8696
2	0.0795	0.1025	-0.1178	0.1321	-0.1521	0.1782	-0.0048	-0.0183	-0.0102	0.0215	0.0151	0.0323	-0.0068	-0.0359	-0.0103	0.0715	-0.0009	-0.0027	0.0671	-0.007	0.0666	59.3099	45.8561	47.2107
3	2.2792	-0.182	-0.0866	0.8025	-0.5395	1.0292	0.0044	0.0971	0.0933	0.0001	-0.0084	-0.2145	-0.0822	0.2954	0.0039	0.0834	0.0001	0.0027	0.055	-0.0085	0.0741	83.1682	66.5118	32.6825
4	1.3203	-0.2904	-0.0846	1.2702	0.2176	1.3404	-0.0333	-0.0026	0.0708	-0.035	0.0004	0.0067	-0.123	0.0044	0.0329	0.0842	-0.0028	0.0155	0.0675	0.0234	0.0861	62.9919	75.9415	41.2492
5	0.6836	-0.3173	-0.2946	0.3543	0.3397	0.326	0.0091	0.0479	-0.0741	-0.0896	-0.004	0.064	0.0624	-0.049	-0.005	0.0843	-0.0134	-0.0068	0.0857	0.0002	0.0827	68.1922	44.5522	21.6381
6	0.9212	0.0849	-0.2702	1.1267	0.073	2.2533	0.0637	-0.0195	-0.189	0.0371	-0.0127	-0.0901	0.2556	0.1373	-0.051	0.0668	-0.004	0.0087	0.0603	-0.0011	0.0972	80.112	39.7559	35.0471
7	1.1026	-0.88	0.2401	1.3598	-0.3201	0.2821	0.0205	0.0821	0.1816	-0.0518	-0.0431	0.0278	-0.1679	-0.1	0.0227	0.1163	-0.0136	-0.0043	0.1174	-0.013	0.0807	51.5745	84.529	51.7414
8	2.2135	-1.0309	-0.094	0.8263	0.1659	0.2124	0.0199	-0.0455	-0.1273	-0.0025	-0.022	0.1071	0.0995	-0.0587	0.002	0.1089	-0.0108	-0.0045	0.0975	-0.0047	0.0544	55.8985	74.9725	47.1469
9	0.5592	-0.4063	0.0736	1.0818	0.2069	0.2778	-0.0286	0.0151	-0.0675	0.057	0.0323	-0.0266	0.066	0.0405	-0.0036	0.0778	-0.0118	0.0144	0.083	0.0187	0.0413	70.3761	49.9821	48.0838
10	0.398	-0.2157	-0.4268	0.4615	0.3852	0.9889	-0.0162	0.016	-0.0263	-0.0215	0.0159	-0.0433	0.0492	0.0506	0.0002	0.0464	-0.0106	-0.0087	0.0451	0.009	0.0673	77.8334	56.5146	39.7346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	174 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	206 - 252
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	253 - 308
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	309 - 357
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	358 - 404
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	405 - 461
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	462 - 505
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	506 - 618

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)