PDB-3k4a: Crystal structure of selenomethionine substituted E. coli beta-gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4a

タイトル

Crystal structure of selenomethionine substituted E. coli beta-glucuronidase

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta barrel / sugar-binding domain / beta-sandwich domain / glycosyl hydrolase / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wallace, B.D. / Orans, J. / Redinbo, M.R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Alleviating cancer drug toxicity by inhibiting a bacterial enzyme.
著者: Wallace, B.D. / Wang, H. / Lane, K.T. / Scott, J.E. / Orans, J. / Koo, J.S. / Venkatesh, M. / Jobin, C. / Yeh, L.A. / Mani, S. / Redinbo, M.R.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4a.cif.gz	463.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4a.ent.gz	381.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k4a_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k4a_full_validation.pdf.gz	577.4 KB	表示
XML形式データ	3k4a_validation.xml.gz	68.8 KB	表示
CIF形式データ	3k4a_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k46C 3k4dC 3lpfC 3lpgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jhz-2 3k4d-1 3k46-1 3lpg-1 6leg-d 3lpf-1 5z19-2 6lem-1 6jz2-1 5c71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

B: Beta-glucuronidase

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-glucuronidase

B: Beta-glucuronidase

A: Beta-glucuronidase

B: Beta-glucuronidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
278 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.997, 77.258, 126.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase / GUS / Beta-D-glucuronoside glucuronosohydrolase 分子量: 69384.656 Da / 分子数: 2 / 変異: A64V, P266L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1617, gurA, gusA, JW1609, uidA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M Mg Acetate, 0.02% Sodium azide, Al's oil, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 22.89 / 数: 219042 / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.53 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29542 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.24	50	100	1	0.06	4.436	7.4
4.96	6.24	100	1	0.078	1.598	7.6
4.33	4.96	100	1	0.086	1.711	7.7
3.94	4.33	100	1	0.089	1.359	7.7
3.65	3.94	100	1	0.114	1.173	7.7
3.44	3.65	100	1	0.147	1.071	7.7
3.27	3.44	100	1	0.186	0.994	7.6
3.12	3.27	99.7	1	0.257	0.897	7.5
3	3.12	98.4	1	0.343	0.909	7
2.9	3	93.7	1	0.431	0.89	6.3

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 29542 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	6.3	0.431	1	93.7
3-3.12	7	0.343	1	98.4
3.12-3.27	7.5	0.257	1	99.7
3.27-3.44	7.6	0.186	1	100
3.44-3.65	7.7	0.147	1	100
3.65-3.94	7.7	0.114	1	100
3.94-4.33	7.7	0.089	1	100
4.33-4.96	7.7	0.086	1	100
4.96-6.24	7.6	0.078	1	100
6.24-50	7.4	0.06	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→32.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 49.272 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.506 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28222	1425	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24193	-	-	-
obs	0.24399	26483	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.667 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.92 Å²	0 Å²	-0.33 Å²
2-	-	1.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9547	0	0	214	9761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	9802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.223	1.92	13339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.268	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.31	24.286	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.851	15	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.429	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.163	0.2	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	7658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.939	1.5	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.611	2	9548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.393	3	3880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.245	4.5	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	89	-
R_work	0.329	1586	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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