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万見
- PDB-3k44: Crystal Structure of Drosophila melanogaster Pur-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k44
タイトルCrystal Structure of Drosophila melanogaster Pur-alpha
要素Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN / Pur-alpha / Pur repeat / Pur domain / Whirly fold / DNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-rich negative regulatory element binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Secreted effector protein pipB2 fold - #30 / Secreted effector protein pipB2 fold / PurA ssDNA and RNA-binding protein / Purine-rich element binding protein family / DNA/RNA-binding repeats in PUR-alpha/beta/gamma and in hypothetical proteins from spirochetes and the Bacteroides-Cytophaga-Flexibacter bacteria. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LD15002p / Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Graebsch, A. / Roche, S. / Niessing, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: X-ray structure of Pur-alpha reveals a Whirly-like fold and an unusual nucleic-acid binding surface
著者: Graebsch, A. / Roche, S. / Niessing, D.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
B: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
C: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
D: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,65616
ポリマ－67,1244
非ポリマー53212
水2,810156
1
A: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0126
ポリマ－16,7811
非ポリマー2305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8162
ポリマ－16,7811
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0126
ポリマ－16,7811
非ポリマー2305
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Purine-rich binding protein-alpha, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8162
ポリマ－16,7811
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.168, 62.544, 64.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-196-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Purine-rich binding protein-alpha, isoform B


分子量: 16781.027 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 40-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG1507, Dmel_CG1507, Pur-alpha / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9V4D9, UniProt: Q95RR6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.935.17
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細PH範囲
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法50 mM Mes, 200 mM MgCl2, 25% PEG 3350, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K5.9; 7.8
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, 22% PEG 3350, 1 mM DTT, 1 mM TCEP, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンESRF ID14-420.979, 0.979, 0.957
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年12月4日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2009年5月1日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID単色(M)・ラウエ(L)
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2MADx-ray2M
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.9791
30.9571
反射解像度: 2.1→64.479 Å / Num. obs: 28601 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 4.35
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / Rsym value: 0.403 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
CRUNCH2モデル構築
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRUNCH2位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.46 Å / σ(F): 4.35 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1500 -RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 28601 98.9 %-
all-28910 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20 Å2-0.03 Å2
2---2.38 Å20 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4654 0 24 156 4834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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