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万見
- PDB-3k40: Crystal structure of Drosophila 3,4-dihydroxyphenylalanine decarb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k40
タイトルCrystal structure of Drosophila 3,4-dihydroxyphenylalanine decarboxylase
要素Aromatic-L-amino-acid decarboxylase
キーワードLYASE / PLP dependent protein / alpha beta protein / Alternative splicing / Catecholamine biosynthesis / Decarboxylase / Polymorphism / Pyridoxal phosphate / CG10697-PB isoform B
機能・相同性
機能・相同性情報


anesthesia-resistant memory / adult chitin-containing cuticle pigmentation / Catecholamine biosynthesis / Serotonin and melatonin biosynthesis / regulation of adult chitin-containing cuticle pigmentation / serotonin biosynthetic process from tryptophan / L-dopa decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / dopamine biosynthetic process from tyrosine ...anesthesia-resistant memory / adult chitin-containing cuticle pigmentation / Catecholamine biosynthesis / Serotonin and melatonin biosynthesis / regulation of adult chitin-containing cuticle pigmentation / serotonin biosynthetic process from tryptophan / L-dopa decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / dopamine biosynthetic process from tyrosine / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / wing disc development / thermosensory behavior / serotonin biosynthetic process / catecholamine metabolic process / thermotaxis / long-term memory / response to hydrogen peroxide / response to wounding / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
dopa decarboxylase, N-terminal domain / dopa decarboxylase, N-terminal domain / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...dopa decarboxylase, N-terminal domain / dopa decarboxylase, N-terminal domain / Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aromatic-L-amino-acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Han, Q. / Ding, H. / Robinson, H. / Christensen, B.M. / Li, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and substrate specificity of Drosophila 3,4-dihydroxyphenylalanine decarboxylase
著者: Han, Q. / Ding, H. / Robinson, H. / Christensen, B.M. / Li, J.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase
B: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8323
ポリマ－107,7392
非ポリマー921
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area32650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.809, 108.597, 86.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / AADC / DOPA decarboxylase / DDC


分子量: 53869.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
解説: Hypoderm isoform / 遺伝子: CG10697, Ddc / プラスミド: PTYB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P05031, aromatic-L-amino-acid decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 4000, 20% glycerol, 200 mM CaCl2, and 100 mM Cacodylic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 100700 / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: PDB entry 1js3

1js3


解像度: 1.75→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 4972 5 %RANDOM
Rwork0.19659 ---
obs0.19811 94557 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7108 0 6 601 7715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9549863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5685892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58823.758330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.425151246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8821544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9041.54456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62127132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44432837
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7624.52731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 365 -
Rwork0.231 6811 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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