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- PDB-3k3o: Crystal structure of the catalytic core domain of human PHF8 comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3o
タイトルCrystal structure of the catalytic core domain of human PHF8 complexed with alpha-ketoglutarate
要素PHD finger protein 8
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHF8 (PHD finger protein 8) / histone demethylase / chromatin modification / methylated H3K9 / Mental retardation / Metal-binding / Phosphoprotein / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20 demethylase activity / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / histone H3K36 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I ...histone H4K20 demethylase activity / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / histone H3K36 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / methylated histone binding / Condensation of Prophase Chromosomes / transcription coregulator activity / HDMs demethylate histones / brain development / G1/S transition of mitotic cell cycle / nuclear membrane / iron ion binding / chromatin binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1360 / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1360 / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Histone lysine demethylase PHF8 / Histone lysine demethylase PHF8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yu, L. / Wang, Y. / Huang, S. / Wang, J. / Deng, Z. / Wu, W. / Gong, W. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into a novel histone demethylase PHF8
著者: Yu, L. / Wang, Y. / Huang, S. / Wang, J. / Deng, Z. / Zhang, Q. / Wu, W. / Zhang, X. / Liu, Z. / Gong, W. / Chen, Z.
履歴
登録2009年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4813
ポリマ－43,2791
非ポリマー2022
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.092, 52.532, 134.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 8 / PHF8


分子量: 43279.344 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 86-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF8 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) cells
参照: UniProt: Q5JPR9, UniProt: Q9UPP1*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q5JPR9, UniProt: Q9UPP1*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 200mM KCl, 100mM Mes, pH 6.5, 20% PEG5K, 5mM H3K9me2, 1.7mM KG, 1mM DTT, 1mM Fe2+, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 22413 / Num. obs: 19197 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 48.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 825 / Rsym value: 0.469 / % possible all: 4.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YU2

2yu2


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.474 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 934 4.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 18163 85.74 %-
all-19097 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.25 Å2 / Biso mean: 31.619 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2664 0 11 109 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1031.9453739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4235347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37123.604111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24215400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6651511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3781.51744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70922789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.131001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.714.5950
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 63 -
Rwork0.293 1148 -
all-1211 -
obs--77.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3104-3.5659-5.84925.60149.113314.8855-0.3324-0.2157-0.00830.61110.5529-0.31170.96510.7467-0.22050.85350.0181-0.28610.8465-0.32121.3595-7.565-19.898-7.142
24.13-3.48052.3329.6843-1.12345.1508-0.0128-0.0232-0.62270.5556-0.12171.19880.2707-0.37110.13460.1569-0.16520.06920.2145-0.02940.2326-29.807-11.48-16.437
33.4933-1.41252.81847.1446-1.05356.24580.129-0.0422-0.573-0.0913-0.05610.80390.494-0.468-0.07290.14-0.107-0.01660.2117-0.05290.2016-25.988-10.73-21.011
45.0596-3.4671.51556.3368-2.35835.69890.18540.80850.4072-0.4591-0.389-0.984-0.00370.65170.20360.22130.03520.17410.3817-0.03640.2426-3.585-6.485-30.86
56.5198-6.00970.536910.00971.30734.77110.23150.42490.224-0.2361-0.0803-0.58880.17350.3689-0.15120.08210.02040.12150.2606-0.04850.23360.827-9.831-27.27
66.39360.276-1.77372.36330.5393.54270.23960.97270.3479-0.7875-0.0514-0.0769-0.3261-0.0615-0.18820.3060.01120.05920.40110.01080.1028-16.145-1.17-34.357
72.29471.23310.714110.8332-3.47822.9084-0.09130.52880.0964-0.7734-0.02070.1718-0.1233-0.16970.1120.18570.1252-0.04710.3127-0.01690.0445-25.0258.025-25.811
82.1725-1.1704-0.58545.3-0.31552.35360.03990.21510.3333-0.0356-0.0482-0.7346-0.04350.04730.00820.0577-0.01640.00960.1549-0.01420.1305-11.81-0.622-20.441
92.4028-0.5143-0.00415.41251.37817.3734-0.1454-0.1559-0.20460.62010.1067-0.2960.2065-0.00750.03870.1716-0.0166-0.02960.0885-0.00590.0455-14.734-8.476-11.061
1014.75061.3074-0.67357.38913.40012.9435-0.2189-0.36620.08720.11070.2882-0.7120.26790.3586-0.06930.24930.0873-0.0970.1245-0.02380.2065-2.461-2.255-1.955
111.7684-0.19291.01892.29882.230710.3635-0.0942-0.2129-0.45680.62650.0046-0.24250.74210.10550.08970.31840.0251-0.06830.07050.0750.219-12.819-13.606-7.439
121.8351-1.50730.27994.6454-0.30492.2952-0.02880.1949-0.08470.06050.0117-0.19960.2427-0.00520.01710.0969-0.0367-0.00450.1148-0.04030.0316-16.65-7.265-18.593
1310.3023-0.07372.38915.3542-2.60497.03290.1217-0.1981-0.02780.4677-0.0696-0.32940.3014-0.1549-0.05210.1085-0.0104-0.05190.02630.00040.0355-20.4746.677-8.4
147.2717-3.07758.11221.3324-3.31513.45860.02590.69140.46170.018-0.2775-0.31540.05031.53520.25160.3481-0.0491-0.09470.36660.05790.5317-11.0019.184-12.381
159.70280.6098-2.35443.82080.74642.4987-0.13780.77280.1028-0.05990.01530.1926-0.1798-0.52230.12260.10750.0461-0.00760.20.00540.0212-30.66215.543-16.759
1611.152-2.68723.705510.6026-2.48444.9381-0.1290.0071-0.02290.4365-0.01641.0507-0.1037-0.74750.14550.0293-0.02930.0870.4316-0.1360.3868-42.7689.056-13.809
177.62155.5717-0.29349.89421.85684.0753-0.0362-0.0480.21880.6319-0.07630.3195-0.0915-0.39650.11240.12280.04410.02010.0875-0.00620.0176-27.21214.957-7.371
184.9409-4.2966-1.595911.11912.511413.6559-0.1437-0.0645-0.08540.4632-0.05450.0596-0.07720.2590.19820.1116-0.0093-0.02620.0131-0.00750.0419-15.25124.554-5.676
195.6476-0.1816-0.79814.17611.01854.3407-0.05350.61080.80630.01870.10510.0312-0.5324-0.278-0.05160.2240.0590.0280.10190.09610.139-24.22123.521-14.149
2011.26674.7691-6.38362.0259-2.91299.9767-0.01340.47140.589-0.0050.21730.2413-0.0312-0.7823-0.20390.23540.06890.1320.16460.00660.1785-43.25616.212-4.439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A91 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4A136 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5A174 - 194
6X-RAY DIFFRACTION6A195 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7A209 - 223
8X-RAY DIFFRACTION8A224 - 256
9X-RAY DIFFRACTION9A257 - 280
10X-RAY DIFFRACTION10A281 - 290
11X-RAY DIFFRACTION11A291 - 307
12X-RAY DIFFRACTION12A308 - 338
13X-RAY DIFFRACTION13A339 - 349
14X-RAY DIFFRACTION14A350 - 363
15X-RAY DIFFRACTION15A364 - 383
16X-RAY DIFFRACTION16A384 - 392
17X-RAY DIFFRACTION17A393 - 408
18X-RAY DIFFRACTION18A409 - 415
19X-RAY DIFFRACTION19A416 - 434
20X-RAY DIFFRACTION20A435 - 445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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