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- PDB-3k3k: Crystal structure of dimeric abscisic acid (ABA) receptor pyrabac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3k
タイトルCrystal structure of dimeric abscisic acid (ABA) receptor pyrabactin resistance 1 (PYR1) with ABA-bound closed-lid and ABA-free open-lid subunits
要素Abscisic acid receptor PYR1
キーワードHORMONE RECEPTOR / SIGNALING PROTEIN / PYR1 / ABSCISIC ACID / ABA RECEPTOR / PLANT HORMONE RECEPTOR / ABA / ABA SENSOR / DROUGHT TOLERANCE / PLANT DEVELOPMENT / SEED DORMANCY / ALPHA/BETA HELIX-GRIP FOLD / START PROTEIN / CLUSTER A TYPE 2C PROTEIN PHOSPHATASE (PP2C) INHIBITOR / PYRABACTIN RESISTANCE 1 / PYRABACTIN / PYL / PHYTOHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding ...positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8S / Abscisic acid receptor PYR1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Arvai, A.S. / Hitomi, K. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structural mechanism of abscisic acid binding and signaling by dimeric PYR1.
著者: Nishimura, N. / Hitomi, K. / Arvai, A.S. / Rambo, R.P. / Hitomi, C. / Cutler, S.R. / Schroeder, J.I. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYR1
B: Abscisic acid receptor PYR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8143
ポリマ－47,5492
非ポリマー2641
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
2
A: Abscisic acid receptor PYR1
B: Abscisic acid receptor PYR1
ヘテロ分子

A: Abscisic acid receptor PYR1
B: Abscisic acid receptor PYR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6276
ポリマ－95,0984
非ポリマー5292
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6320 Å2
ΔGint-33.9 kcal/mol
Surface area35570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.208, 61.407, 82.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.970, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-216-

HOH

21A-314-

HOH

31A-327-

HOH

41A-333-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYR1 / PYRABACTIN RESISTANCE 1 / GENE PRODUCT AT4G17870 / REGULATORY COMPONENT OF ABA RECEPTOR 11 / RCAR11 ...PYRABACTIN RESISTANCE 1 / GENE PRODUCT AT4G17870 / REGULATORY COMPONENT OF ABA RECEPTOR 11 / RCAR11 / GENE PRODUCT T6K21.50


分子量: 23774.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT4g17870, PYR1, T6K21.50 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O49686
#2: 化合物 ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸


分子量: 264.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20O4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 20% PEG MME 2000, 5% Ammonium sulfate, 5% NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 53191 / Num. obs: 53191 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4195 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 76.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F08

3f08


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.644 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2685 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.191 53122 --
obs0.191 53122 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 316.53 Å2 / Biso mean: 53.873 Å2 / Biso min: 9.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å20 Å21.3 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 0 19 380 3323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5121.9554271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1085400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.36323.333156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99515564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6651532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22154
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it16.8641.51954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it19.83523112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it40.10131314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it42.3474.51143
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 172 -
Rwork0.301 2873 -
all-3045 -
obs--75.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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