PDB-3k3c: The N-terminal PAS domain crystal structure of Rv1364c from Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k3c

タイトル

The N-terminal PAS domain crystal structure of Rv1364c from Mycobacterium tuberculosis at 1.62

要素

Protein Rv1364c/MT1410

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Sensor / PAS / signal transduction / fatty-acid binding / sigma factor regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

alkaline phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

King-Scott, J. / Tucker, P.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The N-terminal PAS domain crystal structure of Rv1364c from Mycobacterium tuberculosis at 1.62
著者: King-Scott, J. / Tucker, P.A.

履歴

登録	2009年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3k3c.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3k3c_validation.pdf.gz	941.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k3c_full_validation.pdf.gz	954.4 KB	表示
XML形式データ	3k3c_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	3k3c_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3k3d
類似構造データ	2vqr-d 6n6j-d 4hpp-d 5y5q-d 3fi1-d 2fxq-1 2ffk-d 1maa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (6)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (2)
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ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
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セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
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神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein Rv1364c/MT1410

B: Protein Rv1364c/MT1410

C: Protein Rv1364c/MT1410

D: Protein Rv1364c/MT1410

ヘテロ分子

73.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protein Rv1364c/MT1410

B: Protein Rv1364c/MT1410

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Protein Rv1364c/MT1410

D: Protein Rv1364c/MT1410

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Protein Rv1364c/MT1410

D: Protein Rv1364c/MT1410

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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4

B: Protein Rv1364c/MT1410

C: Protein Rv1364c/MT1410

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
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5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	209.069, 63.823, 61.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-621- HOH
2	1	D-174- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	-1 - 52	1 - 54
2	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	-1 - 52	1 - 54
1	2	1	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	56 - 113	58 - 115
2	2	1	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	56 - 113	58 - 115
1	3	1	ARG	ARG	SER	SER	A	A	114 - 119	116 - 121
2	3	1	ARG	ARG	SER	SER	B	B	114 - 119	116 - 121
1	4	1	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	120 - 142	122 - 144
2	4	1	ILE	ILE	ALA	ALA	B	B	120 - 142	122 - 144
1	5	1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	143 - 150	145 - 152
2	5	1	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	143 - 150	145 - 152
1	1	2	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	6 - 50	8 - 52
2	1	2	ASP	ASP	PRO	PRO	D	D	6 - 50	8 - 52
1	2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	51 - 52	53 - 54
2	2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	51 - 52	53 - 54
1	3	2	THR	THR	SER	SER	C	C	54 - 99	56 - 101
2	3	2	THR	THR	SER	SER	D	D	54 - 99	56 - 101
1	4	2	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	100 - 149	102 - 151
2	4	2	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	100 - 149	102 - 151
1	5	2	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	150 - 154	152 - 156
2	5	2	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	150 - 154	152 - 156

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Protein Rv1364c/MT1410 分子量: 17927.793 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT1410, MTCY02B10.28c, Rv1364c / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRPpLysS / 参照: UniProt: Q11034, UniProt: P9WLZ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化	温度: 292.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.4 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris-HCl, 0.1 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.16K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月11日
放射	モノクロメーター: Si [111], horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→20 Å / Num. all: 101268 / Num. obs: 101268 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 25.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 4886 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
Auto-Rickshaw		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.404 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21233	4927	5 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.183	98602	-	-
obs	0.183	93675	96.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4824	0	132	657	5613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.968	7448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.123	3.002	9278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.415	5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.965	22.785	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.764	15	903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.686	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.2	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.26	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.177	1.5	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.19	1.5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.433	2.5	5186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.206	5	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.315	10	2214

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	889	tight positional	0.02	0.05
2	C	889	tight positional	0.01	0.05
1	A	1302	medium positional	0.59	0.5
2	C	1303	medium positional	0.37	0.5
1	A	889	tight thermal	0.22	1.5
2	C	889	tight thermal	0.17	1.5
1	A	1302	medium thermal	0.56	2.5
2	C	1303	medium thermal	0.41	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	311	-
R_work	0.224	6519	-
obs	-	6830	91.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2843	-0.0407	-0.0326	0.8386	-0.6924	0.7416	0.0326	0.0103	0.0188	0.0685	0.0446	0.165	-0.0101	-0.0735	-0.0772	-0.0054	-0.005	0.0199	-0.0472	-0.0087	0.0189	39.581	5.344	21.003
2	0.1726	-0.1239	-0.0782	0.672	0.1677	0.9601	0.023	0.0062	-0.0052	-0.0767	-0.0386	-0.0043	0.0493	-0.0101	0.0155	0.0167	-0.0005	-0.0018	-0.0766	-0.0019	-0.0062	52.48	-0.738	4.33
3	19.0139	1.0772	0.2463	0.1948	-0.4365	1.5205	0.0779	0.3258	0.5806	0.0417	-0.106	0.0778	-0.049	0.3556	0.028	-0.0612	-0.0242	0.0147	0.0389	0.0064	0.0227	78.678	12.235	4.705
4	0.2465	-0.0213	0.0189	0.9755	-0.7943	0.7601	0.0216	0.0029	-0.0075	-0.0512	0.0507	0.1581	0.0275	-0.0816	-0.0723	-0.0023	0.0011	-0.019	-0.0414	-0.0075	0.0166	39.573	7.885	9.613
5	0.123	0.0533	0.0584	0.7426	0.1604	1.0568	0.0259	0.0031	0.0048	0.0841	-0.0372	-0.0001	-0.0526	-0.0056	0.0113	0.012	-0.0004	0.0031	-0.0753	-0.0005	-0.0064	52.501	13.926	26.311
6	22.6595	-1.8099	0.0274	0.4787	-0.6441	1.2331	0.0625	-0.3689	-0.6251	-0.0163	-0.0842	0.1079	0.0105	0.3937	0.0217	-0.0553	0.0248	-0.0129	0.0538	-0.0007	0.0174	78.634	0.995	26.047
7	3.8984	0.165	1.7481	2.2118	-1.1861	5.1489	0.0593	0.1327	-0.1512	-0.1065	0.0641	-0.223	0.2239	0.5853	-0.1234	-0.1775	0.0492	0.0078	0.1935	-0.041	-0.0395	102.684	2.712	13.956
8	3.0077	-0.2521	0.4911	0.7383	-0.0872	3.2193	-0.0108	-0.1897	0.5968	0.0669	0.0558	-0.1284	-0.73	0.0791	-0.045	0.0039	-0.0018	0.0024	0.0816	-0.067	0.0234	90.459	18.914	23.97
9	7.2372	-2.3816	4.5041	1.0873	-1.5388	2.8471	-0.1135	0.01	0.271	0.0952	0.0199	-0.0426	-0.2315	0.2222	0.0936	-0.1121	-0.0035	-0.0076	0.175	-0.0085	-0.0384	89.252	12.577	24.757
10	6.8257	0.3753	1.5815	0.7529	-0.2027	1.9345	0.0208	-0.1867	0.019	-0.0514	0.0051	0.0274	-0.1246	-0.0065	-0.0258	0.0101	0.0015	0.0063	-0.0745	-0.0072	-0.0155	58.048	18.803	9.884
11	4.4458	-0.347	-1.5651	2.4641	-1.4804	5.8165	0.1174	-0.2494	0.1811	0.1288	0.02	-0.246	-0.2422	0.6839	-0.1374	-0.1821	-0.0471	-0.0023	0.1961	-0.0555	-0.0463	102.675	10.518	16.67
12	3.0792	0.327	-0.9951	0.737	-0.1084	3.0302	-0.0711	0.1808	-0.612	-0.0911	0.0694	-0.1387	0.6891	0.0882	0.0017	-0.0101	0.0128	0.0013	0.069	-0.0576	0.0265	90.504	-5.748	6.732
13	8.0406	2.8196	-5.3187	1.1685	-1.9106	3.5298	-0.1637	0.0316	-0.2956	-0.1144	0.0384	-0.0687	0.2518	0.2263	0.1253	-0.1145	0.0033	0.0079	0.1658	-0.0123	-0.0366	89.228	0.609	5.877
14	6.101	-0.68	-1.734	0.789	-0.2024	2.0089	0.0393	0.2294	-0.0413	0.0285	0.0009	0.0344	0.1408	-0.026	-0.0403	0.0064	-0.0053	-0.0034	-0.076	-0.004	-0.0107	58.067	-5.615	20.762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	26 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	130 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	5 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	24 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	101 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	131 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	5 - 23
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	24 - 92
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	101 - 128
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	131 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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