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- PDB-3k2i: Human Acyl-coenzyme A thioesterase 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2i
タイトルHuman Acyl-coenzyme A thioesterase 4
要素Acyl-coenzyme A thioesterase 4
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold seven-stranded beta-sandwich / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Peroxisome / Polymorphism / Serine esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA hydrolase / succinyl-CoA hydrolase activity / saturated monocarboxylic acid metabolic process / unsaturated monocarboxylic acid metabolic process / dicarboxylic acid catabolic process / : / dicarboxylic acid metabolic process / : / protein targeting to peroxisome / : ...succinyl-CoA hydrolase / succinyl-CoA hydrolase activity / saturated monocarboxylic acid metabolic process / unsaturated monocarboxylic acid metabolic process / dicarboxylic acid catabolic process / : / dicarboxylic acid metabolic process / : / protein targeting to peroxisome / : / short-chain fatty acid metabolic process / palmitoyl-CoA hydrolase / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / succinyl-CoA metabolic process / very long-chain fatty acid metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / carboxylic ester hydrolase activity / peroxisomal matrix / fatty acid metabolic process / Peroxisomal protein import / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA thioester hydrolase/BAAT N-terminal domain / Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase / BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal / Acyl-CoA thioesterase, long chain / Acyl-CoA thioester hydrolase/BAAT, N-terminal / Acyl-CoA thioester hydrolase/BAAT N-terminal region / BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like ...Acyl-CoA thioester hydrolase/BAAT N-terminal domain / Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase / BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal / Acyl-CoA thioesterase, long chain / Acyl-CoA thioester hydrolase/BAAT, N-terminal / Acyl-CoA thioester hydrolase/BAAT N-terminal region / BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Peroxisomal succinyl-coenzyme A thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Siponen, M.I. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kraulis, P. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Markova, N. / Nielsen, T.K. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Schutz, P. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Acyl-coenzyme A thioesterase 4
著者: Siponen, M.I. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, ...著者: Siponen, M.I. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kraulis, P. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Markova, N. / Nielsen, T.K. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Schutz, P. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-coenzyme A thioesterase 4
B: Acyl-coenzyme A thioesterase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1177
ポリマ－92,8932
非ポリマー2245
水3,369187
1
A: Acyl-coenzyme A thioesterase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5764
ポリマ－46,4461
非ポリマー1303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl-coenzyme A thioesterase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5413
ポリマ－46,4461
非ポリマー942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area32030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.470, 93.000, 133.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acyl-coenzyme A thioesterase 4 / Acyl-CoA thioesterase 4 / Peroxisomal acyl coenzyme A thioester hydrolase Ib / Peroxisomal long- ...Acyl-CoA thioesterase 4 / Peroxisomal acyl coenzyme A thioester hydrolase Ib / Peroxisomal long-chain acyl-CoA thioesterase Ib / PTE-Ib / PTE-2b


分子量: 46446.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACOT4 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold pRARE2 / 参照: UniProt: Q8N9L9, palmitoyl-CoA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE IS FROM NATURAL VARIANT. REFER TO REF. 3 IN UNP DATABASE Q8N9L9.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M NaI, 0.1M BTP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→66.82 Å / Num. obs: 36079 / Observed criterion σ(I): 0.122 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 5178 / Rsym value: 0.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HLK

3hlk


解像度: 2.4→63.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 7.078 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1124 3.1 %RANDOM
Rwork0.19245 ---
obs0.19424 34897 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å20 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→63.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6439 0 5 187 6631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9719013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.919311239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4075832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32722.721294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.225151063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2071556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8671.54112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1761.51658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69326613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.60632510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.314.52400
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 77 -
Rwork0.245 2551 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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