PDB-3k2e: Crystal structure of enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k2e

タイトル

Crystal structure of enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Anaplasma phagocytophilum at 1.9A resolution

要素

Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / DECODE / EONYL-(ACYL-CARRIER-PROTEIN) REDUCTASE / ANAPLASMA PHAGOCYTOPHILUM / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Abendroth, J. / Staker, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Anaplasma phagocytophilum at 1.9A resolution
著者: Abendroth, J. / Staker, B.

履歴

登録	2009年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k2e.cif.gz	213.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k2e.ent.gz	170.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/3k2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/3k2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3grkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k31-2 4bnn-1 4bnn-2 1dfh-1 4d41-1 3grk-2 5cpb-1 5vn2-d 3awd-d 5jc8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: AnphA.00817.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

A: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.000, 89.400, 78.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase 分子量: 31909.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア) 遺伝子: fabI, APH_0473 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2GKM8, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: JCSG+ SCREEN CONDITION E11: 100MM IMIDAZOLE PH 80, 10% PEG 8000; ANPHA.00817.A AT 23MG/ML, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 45083 / Num. obs: 44593 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 16.71
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3248 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3grk modified with ccp4 program chainsaw

3grk

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.446 / SU ML: 0.071 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	2251	5 %	RANDOM
R_work	0.151	-	-	-
all	0.154	44593	-	-
obs	0.154	44593	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3839	0	44	323	4206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.963	5381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	6239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.734	5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.672	24.583	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.351	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.911	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.956	1.5	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.279	1.5	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.663	2	4098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.699	3	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.232	4.5	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	155	-
R_work	0.254	2813	-
obs	-	-	91.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1846	-0.1032	-0.0162	0.14	0.0354	0.2793	0.0373	0.0252	0.0348	-0.0432	-0.0275	-0.0241	-0.0341	-0.0104	-0.0099	0.0264	0.0038	-0.0026	0.0082	0.0112	0.0207	36.6583	14.8745	63.9395
2	0.124	-0.11	0.0013	0.1946	-0.0072	0.2169	-0.0306	-0.0399	-0.0008	0.0347	0.034	0.0262	-0.0216	-0.0331	-0.0035	0.0109	0.0152	0.0007	0.0323	-0.0113	0.0159	28.9227	9.6967	94.3377

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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