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万見
- PDB-3k2c: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Enc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2c
タイトルCrystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Encephalitozoon cuniculi at 1.9 A resolution
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / DECODE / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / ENCEPHALITOZOON CUNICULI / Cytoplasm / Rotamase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Encephalitozoon cuniculi at 1.9 A resolution
著者: SSGCID / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.52023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,12910
ポリマ－85,4564
非ポリマー6736
水7,891438
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6043
ポリマ－21,3641
非ポリマー2402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6043
ポリマ－21,3641
非ポリマー2402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4602
ポリマ－21,3641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4602
ポリマ－21,3641
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.810, 73.860, 63.590
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 79.10, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 175 / Label seq-ID: 22

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - K
2BB - L
3CC - M
4DD - N

-
要素

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase / Cyclophilin / CPH


分子量: 21364.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
遺伝子: CPR1, ECU08_0470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SRE1, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: HAMPTON RESEARCH CRYSTAL SCREEN CONDITION B5: 200mM Li sulfate, 100mM Tris-HCl pH 8.5, 30% PEG 4000; Protein at 49.8 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97351 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97351 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 50563 / Num. obs: 47719 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 11.91
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 50563 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2BIU

2biu


解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.765 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2442 5.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.166 47718 --
obs0.166 47718 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.11 Å21.3 Å2
2--1.21 Å2-0 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 42 438 5778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0215438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.9447317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89538869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7545699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29424.146246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42815858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3061526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.53434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2511.51483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58325435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57132004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2214.51880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2045 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.395
Bloose positional0.395
Cloose positional0.385
Dloose positional0.45
Aloose thermal3.3310
Bloose thermal3.210
Cloose thermal3.1410
Dloose thermal3.3910
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 164 -
Rwork0.223 3342 -
obs--94.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08160.0736-0.47670.4424-0.0090.30950.02880.1158-0.05250.0353-0.0523-0.015-0.023-0.07320.02350.00710.0021-0.00380.0949-0.00830.047625.51246.8060.985
20.7842-0.0006-0.44310.47720.01070.29560.0278-0.1138-0.0425-0.0413-0.04850.0154-0.01360.0720.02070.0098-0.0042-0.00180.09770.00150.048325.9799.92510.998
30.2296-0.1146-0.21590.4611-0.10330.5905-0.06290.04590.020.18750.00090.0195-0.01620.0150.0620.1124-0.0210.02290.0606-0.02830.018514.92934.09733.018
40.19620.0213-0.05270.51620.04550.5476-0.0503-0.03230.0046-0.16410.0022-0.0106-0.0275-0.00820.04810.11580.01590.02460.05520.02640.01199.794-2.75841.394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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