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- PDB-3k2c: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Enc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3k2c | ||||||
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Title | Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Encephalitozoon cuniculi at 1.9 A resolution | ||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / DECODE / PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE / ENCEPHALITOZOON CUNICULI / Cytoplasm / Rotamase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Encephalitozoon cuniculi at 1.9 A resolution Authors: SSGCID / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 288.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 233.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2biuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 175 / Label seq-ID: 22
|
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Components
#1: Protein | Mass: 21364.074 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: HAMPTON RESEARCH CRYSTAL SCREEN CONDITION B5: 200mM Li sulfate, 100mM Tris-HCl pH 8.5, 30% PEG 4000; Protein at 49.8 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 18, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97351 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→40 Å / Num. all: 50563 / Num. obs: 47719 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 11.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 50563 / % possible all: 94.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2BIU Resolution: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.765 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.156 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.33 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→40 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 2045 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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