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- PDB-3k28: Crystal Structure of a glutamate-1-semialdehyde aminotransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k28
タイトルCrystal Structure of a glutamate-1-semialdehyde aminotransferase from Bacillus anthracis with bound Pyridoxal 5'Phosphate
要素Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
キーワードisomerase / transferase / Biosynthesis of cofactors / prosthetic groups / and carriers / CSGID / Cytoplasm / Porphyrin biosynthesis / Pyridoxal phosphate / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / National Institutes of Health / Department of Health and Human Services / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase / glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrapyrrole biosynthesis, glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Tetrapyrrole biosynthesis, glutamate-1-semialdehyde aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sharma, S.S. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a glutamate-1-semialdehyde aminotransferase from Bacillus anthracis with bound Pyridoxal 5'Phosphate
著者: Sharma, S.S. / Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
B: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
C: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
D: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,57922
ポリマ－187,0484
非ポリマー1,53118
水27,0231500
1
A: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
B: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,29011
ポリマ－93,5242
非ポリマー7669
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
2
C: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
D: Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,29011
ポリマ－93,5242
非ポリマー7669
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.809, 113.688, 113.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2 / GSA 2 / Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase 2 / GSA-AT 2


分子量: 46762.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (炭疽菌)
株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS4358, BA_4693, GBAA_4693, hemL-2, hemL2 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: Q81LD0, glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG8K, 0.2M caAcet., 0.1M Nacacod pH 6.5, 10mM PLP , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: Be lens
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 240968 / Num. obs: 240968 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 20.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 11981 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BLU-MAXデータ収集
CRANK位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→28.45 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1854 6110 5.02 %RANDOM
Rwork0.1473 ---
obs-121762 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1679 Å20 Å21.0357 Å2
2---0.9231 Å20 Å2
3----5.2449 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.162 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12922 0 74 1513 14509
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 429 4.76 %
Rwork0.1779 8590 -
obs-8590 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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