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万見
- PDB-3k1w: New Classes of Potent and Bioavailable Human Renin Inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1w
タイトルNew Classes of Potent and Bioavailable Human Renin Inhibitors
要素Renin
キーワードHYDROLASE / Renin / protease / Alternative splicing / Aspartyl protease / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Polymorphism / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP ...renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / angiotensin maturation / hormone-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor binding / kidney development / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BFX / FORMIC ACID / 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idopyranose / Renin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Prade, L.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: New classes of potent and bioavailable human renin inhibitors
著者: Remen, L. / Bezencon, O. / Richard-Bildstein, S. / Bur, D. / Prade, L. / Corminboeuf, O. / Boss, C. / Grisostomi, C. / Sifferlen, T. / Strickner, P. / Hess, P. / Delahaye, S. / Treiber, A. / ...著者: Remen, L. / Bezencon, O. / Richard-Bildstein, S. / Bur, D. / Prade, L. / Corminboeuf, O. / Boss, C. / Grisostomi, C. / Sifferlen, T. / Strickner, P. / Hess, P. / Delahaye, S. / Treiber, A. / Weller, T. / Binkert, C. / Steiner, B. / Fischli, W.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5769
ポリマ－74,8102
非ポリマー1,7667
水11,295627
1
A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2704
ポリマ－37,4051
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3065
ポリマ－37,4051
非ポリマー9014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.028, 88.697, 118.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37405.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO cell / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin

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糖 , 2種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-HSQ / 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idopyranose / N-acetyl-alpha-L-idosamine / 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idose / 2-acetylamino-2-deoxy-L-idose / 2-acetylamino-2-deoxy-idose / 2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-L-idopyranose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
LIdopNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-L-idopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-IdopNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
IdoNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 632分子

#2: 化合物 ChemComp-BFX / 4-{4-[3-(2-bromo-5-fluorophenoxy)propyl]phenyl}-N-(2-chlorobenzyl)-N-cyclopropyl-1,2,5,6-tetrahydropyridine-3-carboxamide


分子量: 597.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H31BrClFN2O2
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 20-30% PEG 4000, 0.6M KCl, 0.1M NaCitrate buffer, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→31.8 Å / Num. all: 98559 / Num. obs: 98559 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 8.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→31.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.345 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 4930 5 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
all0.20036 93558 --
obs0.20036 93558 88.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5252 0 111 627 5990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9637493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7725687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36123.946223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23915868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4181520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.23802
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65233373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62145458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21632175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.32352029
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 263 -
Rwork0.317 5458 -
obs--70.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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