PDB-3k1s: Crystal Structure of the PTS Cellobiose Specific Enzyme IIA from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k1s

タイトル

Crystal Structure of the PTS Cellobiose Specific Enzyme IIA from Bacillus anthracis

要素

PTS system, cellobiose-specific IIA component

キーワード

TRANSFERASE / all alpha protein / spectrin repeat-like / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / protein-N(pi)-phosphohistidine--N-acetyl-D-glucosamine phosphotransferase activity / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the PTS Cellobiose Specific Enzyme IIA from Bacillus anthracis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k1s.cif.gz	208.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k1s.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/3k1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/3k1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gkr-d 5dld-d 2uyh-d 3qe3-d 2vwh-d 4yrz-1 2q4v-d 3c4a-d 1el8-1 4yo3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01100

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: IDP01100

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PTS system, cellobiose-specific IIA component

B: PTS system, cellobiose-specific IIA component

C: PTS system, cellobiose-specific IIA component

D: PTS system, cellobiose-specific IIA component

E: PTS system, cellobiose-specific IIA component

F: PTS system, cellobiose-specific IIA component

G: PTS system, cellobiose-specific IIA component

H: PTS system, cellobiose-specific IIA component

I: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

112 kDa, 9 ポリマー
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1

A: PTS system, cellobiose-specific IIA component

B: PTS system, cellobiose-specific IIA component

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ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 3 ポリマー
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2

D: PTS system, cellobiose-specific IIA component

E: PTS system, cellobiose-specific IIA component

F: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 3 ポリマー
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3

G: PTS system, cellobiose-specific IIA component

H: PTS system, cellobiose-specific IIA component

I: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

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37.3 kDa, 3 ポリマー
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4

A: PTS system, cellobiose-specific IIA component

B: PTS system, cellobiose-specific IIA component

C: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

A: PTS system, cellobiose-specific IIA component

B: PTS system, cellobiose-specific IIA component

C: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
74.7 kDa, 6 ポリマー
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5

D: PTS system, cellobiose-specific IIA component

E: PTS system, cellobiose-specific IIA component

F: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

G: PTS system, cellobiose-specific IIA component

H: PTS system, cellobiose-specific IIA component

I: PTS system, cellobiose-specific IIA component

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.887, 92.887, 260.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	PTS system, cellobiose-specific IIA component 分子量: 12386.215 Da / 分子数: 9 / 変異: N-terminal Ser-Asn-Ala expression tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames 遺伝子: celC-2, celC2, BAS5057, BA_5442, GBAA5442, GBAA_5442 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81X08, UniProt: A0A6H3A5D1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 30% PEG3350, 200mM sodium formate, 10mM fructose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 51800 / Num. obs: 48951 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→43.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.601 / SU ML: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	2506	5.1 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.187	48925	94.6 %
all	-	51800	-

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7588	0	20	621	8229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	7705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.749	1.956	10368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.69	5	995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.983	26.478	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.816	15	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.515	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.594	1.5	4825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.77	2	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.883	3	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.137	4.5	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	173	-
R_work	0.216	3414	-
obs	-	-	95.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1009	0.3965	-0.1142	1.2586	0.0243	1.1621	-0.0335	0.0983	-0.0468	-0.1063	0.1003	-0.1557	-0.0852	-0.0177	-0.0668	0.2808	-0.0419	-0.0005	0.2896	0.0085	0.0054	26.341	-12.959	56.618
2	1.5145	-0.155	-0.2743	1.5824	0.5152	1.5352	-0.0609	0.0067	-0.0468	-0.0206	0.0023	-0.2272	-0.0478	0.1674	0.0586	0.2927	-0.0368	-0.0275	0.2701	0.0302	0.0407	43.082	-5.618	62.795
3	1.7093	0.2267	-0.1731	0.7793	-0.1559	1.1755	0.0176	0.0425	-0.1802	-0.0038	-0.0477	-0.1263	0.1064	0.1121	0.0301	0.2894	-0.0319	-0.0475	0.2558	0.0216	0.0491	35.243	-20.629	72.328
4	1.4094	0.6515	0.2048	2.5611	1.219	2.218	0.0182	-0.0711	-0.1166	0.0514	-0.0603	-0.0531	0.0632	-0.0937	0.042	0.2901	0.0006	0.0435	0.2898	0.0172	0.0438	40.616	4.232	42.535
5	0.8455	-0.1106	-0.6878	1.5143	0.3082	3.1514	-0.058	0.1917	0.082	0.059	0.0476	0.2149	-0.0542	-0.4715	0.0104	0.3337	0.0256	0.0462	0.3624	0.0521	0.0648	24.862	11.63	49.86
6	1.1242	-0.1555	0.2523	0.9035	0.3899	1.4716	0.1588	0.1115	-0.1176	-0.1804	-0.0088	-0.1129	-0.079	-0.1885	-0.1501	0.3636	0.0282	0.0455	0.3526	0.0432	0.0577	32.762	19.883	34.693
7	1.407	0.8194	0.1014	2.1073	0.1937	1.8222	-0.0712	0.1419	0.097	-0.3221	0.1921	-0.0633	-0.1029	0.2185	-0.1209	0.3416	0.0092	-0.0286	0.3278	-0.0258	0.0462	58.942	-16.901	78.698
8	1.0573	0.899	-0.2313	2.0899	0.3931	1.0762	-0.1116	0.0399	-0.0929	-0.0979	0.186	-0.1917	-0.0075	0.1674	-0.0745	0.2886	0.0162	-0.0376	0.3436	-0.0648	0.0706	66.716	-8.367	93.976
9	1.0053	0.0228	0.5054	1.5983	0.2607	1.181	-0.036	-0.0256	0.0846	-0.102	0.0052	-0.0294	-0.1816	0.143	0.0308	0.3423	0.0026	-0.0374	0.2997	-0.0524	0.0641	50.631	-1.202	86.118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	5 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	5 - 105
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	5 - 105

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